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Structure paper

タイトルInsights into type IX secretion from PorKN cogwheel structure bound to PorG and attachment complexes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 7735, Year 2025
掲載日2025年8月19日
著者Dhana G Gorasia / Eric Hanssen / Manasi Mudaliyar / Craig J Morton / Sepideh Valimehr / Christine Seers / Lianyi Zhang / Matthew T Doyle / Debnath Ghosal / Paul D Veith / Eric C Reynolds /
PubMed 要旨The Type IX Secretion System exports proteins across the outer membrane (OM) of bacteria in the Bacteroidota phylum, however, the mechanistic details remain unknown. In Porphyromonas gingivalis the ...The Type IX Secretion System exports proteins across the outer membrane (OM) of bacteria in the Bacteroidota phylum, however, the mechanistic details remain unknown. In Porphyromonas gingivalis the core components of the multi-protein complex are the Sov translocon, Attachment Complexes (PorQ, U, V, Z), PorLM molecular motors and PorKN rings. Here, we present a ~ 3.5 Å cryo-EM structure of the periplasmic rings comprising 32-33 subunits each of PorK and PorN. Additionally, we show the presence of a critical disulfide bond between PorK and the OM protein PorG that is essential for protein secretion and demonstrate that the Attachment Complexes bind to, and are localized above, the PorKN rings. Overall, each ring resembles a cogwheel with PorN forming cog-like projections that we propose engage with the PorLM motor to drive the rotation of the PorKN cogwheel together with PorG and associated Attachment Complexes, thus providing the energy to complete protein secretion and the coordinated cell surface attachment of the secreted cargo.
リンクNat Commun / PubMed:40830366 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.75 - 3.6 Å
構造データ

EMDB-48722: cryo electron microscopy map of porK/N ring with alternative C32 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

48741

9myj

EMDB-48741, PDB-9myj:
Structure of P. gingivalis PorK and PorN complexes from cryo electron microscopy
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

71309

9p6h

EMDB-71309, PDB-9p6h:
Structure of P. gingivalis PorK and PorN complexes from cryo electron microscopy
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

化合物

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-BMA:
beta-D-mannopyranose

由来
  • Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
  • porphyromonas gingivalis w83 (バクテリア)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / T9SS / porphyromonas gingivalis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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