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Structure paper

タイトルStructural insights into the atypical filament assembly of pyrin domain-containing IFI16.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 44, Issue 24, Page 7702-7720, Year 2025
掲載日2025年11月5日
著者Archit Garg / Ewa Niedzialkowska / Jeffrey J Zhou / Jasper Moh / Edward H Egelman / Jungsan Sohn /
PubMed 要旨In response to various intracellular stress or damage-associated signals, inflammasomes can be activated and trigger a pyroptotic cell death process through the sequential assembly of structurally ...In response to various intracellular stress or damage-associated signals, inflammasomes can be activated and trigger a pyroptotic cell death process through the sequential assembly of structurally compatible and interacting filamentous oligomers involving the pyrin domains (PYD) of important inflammasome components. The PYD-containing interferon-inducible protein 16 (IFI16) has been suggested as a viral DNA sensor that can induce inflammasome formation, but it also has other inflammasome-independent functions, including interferon production. Here, the cryo-EM structure of the filament assembled by the PYD of human IFI16 reveals a helical architecture distinct from inflammasome PYD filaments. In silico interface energy calculations suggest that the helical architecture of the IFI16 filament prevents interactions with inflammasome PYD filaments. Biochemical and cell biology experiments consistently demonstrate that IFI16 does not directly interact with inflammasome pyrin domains. Together, our results provide insights into the structural basis of the inflammasome-independent functions of IFI16, and also show that strict architectural compatibility requirements for interactions contribute to the signal transduction specificity in inflammasome signaling.
リンクEMBO J / PubMed:41193640 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度3.3 Å
構造データ

48631

9muf

EMDB-48631, PDB-9muf:
Cryo-EM structure of the IFI16-PYD filament
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.3 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate immune sensor IFI16 / PYD filament / Death domain superfamily / AIM2-like receptors (ALRs) / Cryo-EM structure

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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