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タイトルHIV broadly neutralizing antibody precursors to the Apex epitope induced in nonhuman primates.
ジャーナル・号・ページSci Immunol, Vol. 10, Issue 110, Page eadt6660, Year 2025
掲載日2025年8月22日
著者Krystal M Ma / Henry J Sutton / Payal P Pratap / Jon M Steichen / Diane Carnathan / James Quinn / Oleksandr Kalyuzhniy / Alessia Liguori / Sashank Agrawal / Sabyasachi Baboo / Patrick Madden / Christopher A Cottrell / Jordan R Willis / Jeong-Hyun Lee / Elise Landais / Xiaozhen Hu / Parham Ramezani-Rad / Gabriel Ozorowski / Vanessa R Lewis / Jolene K Diedrich / Xiaoya Zhou / Tasha K Altheide / Nicole Phelps / Erik Georgeson / Nushin B Alavi / Danny Lu / Saman Eskandarzadeh / Michael Kubitz / Yumiko Adachi / Tina-Marie Mullen / Murillo Silva / Mariane B Melo / Sunny Himansu / Darrell J Irvine / Dennis R Burton / John R Yates / James C Paulson / Devin Sok / Ian A Wilson / Guido Silvestri / Andrew B Ward / Shane Crotty / William R Schief /
PubMed 要旨An effective prophylactic HIV vaccine will likely need to induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs). bnAbs to the Apex region of the HIV envelope glycoprotein (Env) are promising targets for ...An effective prophylactic HIV vaccine will likely need to induce broadly neutralizing antibodies (bnAbs). bnAbs to the Apex region of the HIV envelope glycoprotein (Env) are promising targets for vaccination because of their relatively low somatic hypermutation compared with other bnAbs. Most Apex bnAbs engage Env using an exceptionally long heavy-chain complementarity-determining region 3 (HCDR3) containing specific binding motifs, which reduces bnAb precursor frequency and makes priming of rare bnAb precursors a likely limiting step in the path to Apex bnAb induction. We found that adjuvanted protein or mRNA lipid nanoparticle (LNP) immunization of rhesus macaques with ApexGT6, an Env trimer engineered to bind Apex bnAb precursors, consistently induced Apex bnAb-related precursors with long HCDR3s bearing bnAb-like sequence motifs. Cryo-electron microscopy revealed that elicited Apex bnAb-related HCDR3s had structures combining elements of several prototype Apex bnAbs. These results achieve a critical HIV vaccine development milestone in outbred primates.
リンクSci Immunol / PubMed:40845127 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.88 - 3.3 Å
構造データ

44341

9b8b

EMDB-44341, PDB-9b8b:
RM038 Fab in complex with Apex-GT 6.2 trimer and RM20A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

44342

9b8c

EMDB-44342, PDB-9b8c:
RM018 Fab in complex with Apex GT 6.2 trimer and RM20A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

48523

9mqg

EMDB-48523, PDB-9mqg:
RM017 Fab in complex with Apex-GT6.2 trimer and RM20A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

PDB-9mpb:
Crystal structure of the HIV V2-apex-targeting antibody RM038, derived from macaque ApexGT6 immunization
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-9mpc:
Crystal structure of the HIV V2-apex-targeting antibody RM018 from macaque
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-9mpx:
Crystal structure of RM014, a macaque-derived HIV V2-apex-targeting antibody from ApexGT6 immunization
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.88 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-GOL:
GLYCEROL

由来
  • macaca mulatta (アカゲザル)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • macaca (オナガザル)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV Env / immune complex / VIRAL PROTEIN / macaque antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / V1V2 apex / IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / Germline-targeting vaccination / ApexGT6 / V2-apex antibody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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