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タイトルCryo-EM Structure of the Flagellar Motor Complex from sp. TCA20.
ジャーナル・号・ページBiomolecules, Vol. 15, Issue 3, Year 2025
掲載日2025年3月18日
著者Sakura Onoe / Tatsuro Nishikino / Miki Kinoshita / Norihiro Takekawa / Tohru Minamino / Katsumi Imada / Keiichi Namba / Jun-Ichi Kishikawa / Takayuki Kato /
PubMed 要旨The bacterial flagellum, a complex nanomachine composed of numerous proteins, is utilized by bacteria for swimming in various environments and plays a crucial role in their survival and infection. ...The bacterial flagellum, a complex nanomachine composed of numerous proteins, is utilized by bacteria for swimming in various environments and plays a crucial role in their survival and infection. The flagellar motor is composed of a rotor and stator complexes, with each stator unit functioning as an ion channel that converts flow from outside of cell membrane into rotational motion. sp. TCA20 was discovered in a hot spring, and a structural analysis was conducted on the stator complex using cryo-electron microscopy to elucidate its function. Two of the three structures (Classes 1 and 3) were found to have structural properties typical for other stator complexes. In contrast, in Class 2 structures, the pentamer ring of the A subunits forms a C-shape, with lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG) bound to the periplasmic side of the interface between the A and B subunits. This interface is conserved in all stator complexes, suggesting that hydrophobic ligands and lipids can bind to this interface, a feature that could potentially be utilized in the development of novel antibiotics aimed at regulating cell motility and infection.
リンクBiomolecules / PubMed:40149971 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 3.5 Å
構造データ

63392

9lu9

EMDB-63392, PDB-9lu9:
The chimeric flagellar motor complex between MotA1B1 from Paenibacillus sp. TCA20 and MotAB from E.coli, state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

63393

9lub

EMDB-63393, PDB-9lub:
The chimeric flagellar motor complex between MotA1B1 from Paenibacillus sp. TCA20 and MotAB from E.coli, state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

63394

9luc

EMDB-63394, PDB-9luc:
The chimeric flagellar motor complex between MotA1B1 from Paenibacillus sp. TCA20 and MotAB from E.coli, state 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル

由来
  • paenibacillus sp. tca20 (バクテリア)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードMOTOR PROTEIN / Flagellar / motility / Paenibacillus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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