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Structure paper

タイトルComputational design of a high-precision mitochondrial DNA cytosine base editor.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 12, Page 2575-2586, Year 2025
掲載日2025年11月17日
著者Li Mi / Yu-Xuan Li / Xinchen Lv / Zi-Li Wan / Xu Liu / Kairan Zhang / Huican Li / Yue Yao / Leping Zhang / Zhe Xu / Xingyu Zhuang / Kunqian Ji / Min Jiang / Yangming Wang / Peilong Lu /
PubMed 要旨Bystander editing remains a major limitation of current base editors, hindering their precision and therapeutic potential. Here, we present a de novo protein design strategy that creates a ...Bystander editing remains a major limitation of current base editors, hindering their precision and therapeutic potential. Here, we present a de novo protein design strategy that creates a structurally rigid interface between a DNA-binding TALE domain and a cytosine deaminase, forming a unified editing module termed TALE-oriented deaminase (TOD). Cryo-EM analysis of TOD-DNA complexes confirms that this precise spatial architecture tightly restricts the deaminase activity window, thereby minimizing unwanted deamination. To further enhance editing specificity, we develop a split version, termed DdCBE-TOD, which virtually eliminates off-target editing. As a proof of concept, we apply DdCBE-TOD to generate a mitochondrial disease mouse model and to correct a pathogenic mutation associated with MERRF syndrome in patient-derived cells, achieving single-nucleotide precision. This work introduces a generalizable and computationally guided approach for ultra-precise base editing, offering a promising platform for both mechanistic studies and therapeutic correction of single-nucleotide mutations.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:41249818
手法EM (単粒子)
解像度2.64 - 3.18 Å
構造データ

62995

9lcx

EMDB-62995, PDB-9lcx:
Inactive TOD6 with AC DNA substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

62996

9lcy

EMDB-62996, PDB-9lcy:
Inactivate TOD6 with TC DNA substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

62997

9lcz

EMDB-62997, PDB-9lcz:
Inactivate TOD6 with GC DNA substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

62998

9ld0

EMDB-62998, PDB-9ld0:
Inactivate TOD6 with CC DNA substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

62999

9ld1

EMDB-62999, PDB-9ld1:
Inactivate TOD4 with TC DNA substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • burkholderia cenocepacia (バクテリア)
  • synthetic construct (人工物)
  • xanthomonas (バクテリア)
キーワードDE NOVO PROTEIN / De novo design / DNA-binding TALE domain / deaminase (Ddd_Ss) / orienting domain / deaminase(Ddd_Ss)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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