[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural basis of menaquinone reduction by succinate dehydrogenase from Chloroflexus aurantiacus.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 10782, Year 2025
掲載日2025年11月28日
著者Xin Zhang / Jingyi Wu / Jiamao Wang / Huimin He / Aokun Liu / Xin Hong / Yuanyi Yu / Xinkai Pei / Xianjie Fang / Yueyong Xin / Lu Yu / Changlin Tian / Xiaoling Xu /
PubMed 要旨Succinate: menaquinone oxidoreductase (SQR) couples the oxidation of succinate with the reduction of menaquinone (MK) as part of the TCA cycle and the aerobic respiratory chain in MK-containing ...Succinate: menaquinone oxidoreductase (SQR) couples the oxidation of succinate with the reduction of menaquinone (MK) as part of the TCA cycle and the aerobic respiratory chain in MK-containing bacteria and archaea. Despite its significance, questions persist regarding the electron and proton transfer mechanisms that drive the endergonic MK reduction by succinate. In this study, we determine cryo-EM structures of succinate dehydrogenase (SDH) from Chloroflexus aurantiacus (CaSDH), a facultative filamentous anoxygenic phototroph (FAP) that forms one of the earliest branches of photosynthetic bacteria. The structures of trimeric CaSDH, resolved in both apo- and MK-bound forms, reveal a single membrane-anchoring subunit containing two b-type hemes, a canonical Q site, and a Q site with atypical location, configuration and specificity, each bound to MK molecules. Using structural analysis, EPR, and enzymatic assays, we uncover electron transfer pathways connecting succinate oxidation to MK reduction at the Q and Q sites. These findings provide structural insights into the electron and proton transfer mechanisms of MK-dependent diheme SQRs and establish a foundation for structure-based inhibitor design and antibacterial drug development targeting these enzymes.
リンクNat Commun / PubMed:41315263 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.62 - 2.9 Å
構造データ

62932

9lay

EMDB-62932, PDB-9lay:
Cryo-EM structure of the apo-form succinate dehydrogenase from Chloroflexus aurantiacus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

62933

9laz

EMDB-62933, PDB-9laz:
Cryo-EM structure of the lipid-bound succiante dehydrogenase from Chloroflexus aurantiacus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.69 Å

62934

9lb0

EMDB-62934, PDB-9lb0:
Cryo-EM structure of the MK7-bound succinate dehydrogenase from Chloroflexus aurantiacus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.74 Å

62935

9lb1

EMDB-62935, PDB-9lb1:
Cryo-EM structure of the MK4-bound succinate dehydrogenase from Chloroflexus aurantiacus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD*YM

ChemComp-SIN:
SUCCINIC ACID

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

ChemComp-PEV:
(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / POPE, リン脂質*YM

ChemComp-MQ7:
MENAQUINONE-7

ChemComp-1L3:
Menaquinone-4

由来
  • chloroflexus aurantiacus j-10-fl (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Succinate: menaquinone oxidoreductase; membrane protein; complex II; electron transfer; MEMBRANE PROTEIN / succinate: menaquinone oxidoreductase; succinate dehydrogenase; electron transfer; MEMBRANE PROTEIN / Succinate: menaquinone oxidoreductase; 3-hydroxypropionate cycle; succinate dehydrogenase;electron transfer

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る