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タイトルMolecular basis for the phosphorylation of bacterial tyrosine kinase Wzc.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 3437, Year 2025
掲載日2025年4月11日
著者Yun Yang / Mariana Batista / Bradley R Clarke / Michelle R Agyare-Tabbi / Haigang Song / Noah M Kuehfuss / Audrey Le Bas / Carol V Robinson / Chris Whitfield / Phillip J Stansfeld / James H Naismith / Jiwei Liu /
PubMed 要旨The regulation of polymerisation and translocation of biomolecules is fundamental. Wzc, an integral cytoplasmic membrane tyrosine autokinase protein serves as the master regulator of the biosynthesis ...The regulation of polymerisation and translocation of biomolecules is fundamental. Wzc, an integral cytoplasmic membrane tyrosine autokinase protein serves as the master regulator of the biosynthesis and export of many bacterial capsular polysaccharides and exopolysaccharides. Such polysaccharides play essential roles in infection, defence, and some are important industrial products. Wzc comprises a large periplasmic domain, two transmembrane helices and a C-terminal cytoplasmic kinase domain with a tyrosine-rich tail. Wzc regulates polymerisation functions through cycling the formation and dissociation of an octameric complex, driven by changes in the phosphorylation status of the tyrosine-rich tail. E. coli Wzc serves a model for a wider family of polysaccharide co-polymerases. Here, we determine structures of intermediate states with different extents of phosphorylation. Structural and computational data reveal the pre-ordering of the tyrosine-rich tail, the molecular basis underlying the unidirectionality of phosphorylation events, and the underlying structural dynamics on how phosphorylation status is transmitted.
リンクNat Commun / PubMed:40210632 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.49 - 3.0 Å
構造データ

50042

9exo

EMDB-50042, PDB-9exo:
Wzc-K540M-2YE MgADP C1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

50043

9exp

EMDB-50043, PDB-9exp:
Wzc-K540M-2YE MgADP C8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

50044

9i2q

EMDB-50044, PDB-9i2q:
Wzc-K540M-3YE MgADP C1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

50045

9i2r

EMDB-50045, PDB-9i2r:
Wzc-K540M-3YE MgADP C8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.59 Å

50046

9exq

EMDB-50046, PDB-9exq:
Wzc-K540M-3YE-N711Y MgADP C1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

50047

9exr

EMDB-50047, PDB-9exr:
Wzc-K540M-3YE-N711Y MgADP C8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.49 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Wzc / Wzc-K540M-2YE / Wzc-K540M-3YE-N711Y / Wzc-K540M-3YE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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