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Structure paper

タイトルZincore, an atypical coregulator, binds zinc finger transcription factors to control gene expression.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 389, Issue 6755, Page eadv2861, Year 2025
掲載日2025年7月3日
著者Daniëlle Bianchi / Razvan Borza / Erica De Zan / Guizela Huelsz-Prince / Sebastian Gregoricchio / Marleen Dekker / Alex Fish / Abdelghani Mazouzi / Lona J Kroese / Simon Linder / Miguel Hernandez-Quiles / Michiel Vermeulen / Patrick H N Celie / Paul Krimpenfort / Ji-Ying Song / Wilbert Zwart / Lodewyk Wessels / Sebastian M B Nijman / Anastassis Perrakis / Thijn R Brummelkamp /
PubMed 要旨Zinc finger proteins (ZNFs) are the largest family of transcription factors, yet how they activate gene expression remains unclear. In this study, we identified Zincore, a protein complex consisting ...Zinc finger proteins (ZNFs) are the largest family of transcription factors, yet how they activate gene expression remains unclear. In this study, we identified Zincore, a protein complex consisting of QRICH1 and SEPHS1, as a ZNF-specific coregulator essential for embryonic development in mice and associated with developmental syndromes in humans. We also identified ZFP91 as a representative Zincore client, binding the conserved promoter motif CTTTAAR. Cryo-electron microscopy of a Zincore-ZFP91-DNA complex revealed a SEPHS1 arginine clamp to recognize the DNA-bound zinc finger domains. This mode of binding explains recognition of different ZNFs and stabilizes ZFP91 onto its cognate DNA motif. Thus, our study identified Zincore as a ZNF-specific coregulator essential for development, involving a distinctive mechanism that locks ZNFs onto DNA and regulates transcription.
リンクScience / PubMed:40608935
手法EM (単粒子)
解像度3.16 - 3.26 Å
構造データ

52226

9hjt

EMDB-52226, PDB-9hjt:
Structure of Zincore (SEPHS1:QRICH1) binding to ZFP91 on DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

52227

9hju

EMDB-52227, PDB-9hju:
Structure of 2x Zincore (SEPHS1:QRICH1) binding to ZFP91 on DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Zincore Complex / Transcriptional regulator complex / SEPHS1 / Selenide / water dikinase 1 / selenophosphate synthetase 1 / QRICH1 / Zinc finger protein / ZFP91 / Transcription factor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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