[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルA binding site for the antibiotic GE81112 in the ribosomal mRNA channel.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2024
掲載日2024年9月26日
著者Andreas Schedlbauer / Xu Han / Wouter van Bakel / Tatsuya Kaminishi / Borja Ochoa-Lizarralde / Idoia Iturrioz / Retina Çapuni / Ransford Parry / Ronny Zegarra / David Gil-Carton / Jorge P López-Alonso / Kristina Barragan Sanz / Letizia Brandi / Claudio O Gualerzi / Paola Fucini / Sean R Connell /
PubMed 要旨The initiation phase is the rate-limiting step of protein synthesis (translation) and is finely regulated, making it an important drug target. In bacteria, initiation is guided by three initiation ...The initiation phase is the rate-limiting step of protein synthesis (translation) and is finely regulated, making it an important drug target. In bacteria, initiation is guided by three initiation factors and involves positioning the start site on the messenger RNA within the P-site on the small ribosomal subunit (30S), where it is decoded by the initiator tRNA. This process can be efficiently inhibited by GE81112, a natural hydrophilic, noncyclic, nonribosomal tetrapeptide. It is found in nature in three structural variants (A, B and B1 with molecular masses of 643-658 Da). Previous biochemical and structural characterisation of GE81112 indicates that the primary mechanism of action of this antibiotic is to (1) prevent the initiator tRNA from binding correctly to the P-site and (2) block conformational rearrangements in initiation factor IF3, resulting in an 30S pre/C state. In this study, using cryoEM, we have determined the binding site of GE81112 in initiation complexes (3.2-3.7Å) and on empty ribosomes (2.09 Å). This binding site is within the mRNA channel (E-site) but remote from the binding site of the initiation factors and initiator tRNA. This suggests that it acts allosterically to prevent the initiator tRNA from being locked into place. The binding mode is consistent with previous biochemical studies and recent work identifying the key pharmacophores of GE81112.
リンクbioRxiv / PubMed:39386670 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.09 - 3.8 Å
構造データ

51936

9h8g

EMDB-51936, PDB-9h8g:
Complex 5 30S-GE81112
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.09 Å

51964

9h9h

EMDB-51964, PDB-9h9h:
Complex 1 30S-IF1-IF2-IF3-GE81112
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

51965

9h9i

EMDB-51965, PDB-9h9i:
Complex 2 (HEAD) 30S-IF1-IF3-tRNA-GE81112
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

51966

9h9j

EMDB-51966, PDB-9h9j:
Complex 2 (BODY) 30S-IF1-IF3-tRNA-GE81112
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

51967

9h9k

EMDB-51967, PDB-9h9k:
Complex 3 (HEAD) 30S-tRNA-GE81112
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

51968

9h9l

EMDB-51968, PDB-9h9l:
Complex 3 (BODY) 30S-tRNA-GE81112
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

51969

9h9m

EMDB-51969, PDB-9h9m:
Complex 4 (HEAD) 30S-GE81112 (weak residual tRNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

51970

9h9n

EMDB-51970, PDB-9h9n:
Complex 4 (BODY) 30S-GE81112 (weak residual tRNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

PDB-1ic4:
CRYSTAL STRUCTURE OF HYHEL-10 FV MUTANT(HD32A)-HEN LYSOZYME COMPLEX

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-K:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードRIBOSOME / Antibiotic / initiation factor / GE81112 / 30S

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る