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Structure paper

タイトルThe structure of the mammalian bornavirus polymerase complex.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 7508, Year 2025
掲載日2025年8月13日
著者Loïc Carrique / Franziska Günl / Adrian Deng / Jonathan M Grimes / Jeremy R Keown /
PubMed 要旨Borna disease virus 1 (BoDV-1) is a non-segmented RNA virus with one of the smallest known RNA virus genomes. BoDV-1 replicates in the nucleus of infected cells using a virally encoded polymerase ...Borna disease virus 1 (BoDV-1) is a non-segmented RNA virus with one of the smallest known RNA virus genomes. BoDV-1 replicates in the nucleus of infected cells using a virally encoded polymerase complex composed of the large protein and phosphoprotein. Here, we present the BoDV-1 polymerase complex at resolutions up to 2.8 Å, describing the fully ordered large polymerase protein bound to tetrameric phosphoprotein. The complex is maintained through the ordered C-terminal region of one copy of the phosphoprotein. Analysis of the model reveals a conserved methyltransferase domain, though key S-adenosyl methionine binding residues are missing. While no RNA is observed in our models, analysis of a sample under reaction conditions induces an opening and closing of the template entry and exit channels, respectively. Higher-order polymerase assemblies suggest oligomerisation as a conserved feature of negative strand RNA virus polymerases. We provide a molecular framework to investigate bornavirus replication and transcription.
リンクNat Commun / PubMed:40804239 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.95 - 3.07 Å
構造データ

51765

9h1g

EMDB-51765, PDB-9h1g:
Structure of the borna disease virus 1 replication complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

51770

9h1q

EMDB-51770, PDB-9h1q:
Structure of the borna disease virus 1 replication core complex - reaction complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

51785

9h1y

EMDB-51785, PDB-9h1y:
Structure of the borna disease virus 1 replication full-length complex - reaction complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • borna disease virus 1 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / polymerase / phosphoprotein / bornavirus / RdRp

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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