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Structure paper

タイトルCryo-EM structure and polar assembly of the PS2 S-layer of .
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 31, Page e2426928122, Year 2025
掲載日2025年8月5日
著者Adrià Sogues / Mike Sleutel / Julienne Petit / Daniela Megrian / Nicolas Bayan / Anne Marie Wehenkel / Han Remaut /
PubMed 要旨The polar-growing have a complex cell envelope architecture characterized by the presence of a specialized outer membrane composed of mycolic acids. In some , this mycomembrane is further supported ...The polar-growing have a complex cell envelope architecture characterized by the presence of a specialized outer membrane composed of mycolic acids. In some , this mycomembrane is further supported by a proteinaceous surface layer or "S-layer," whose function, structure, and mode of assembly remain largely enigmatic. Here, we isolated ex vivo PS2 S-layers from the industrially important and determined its atomic structure by 3D cryo-EM reconstruction. PS2 monomers consist of a six-helix bundle "core," a three-helix bundle "arm," and a C-terminal transmembrane (TM) helix. The PS2 core oligomerizes into hexameric units anchored in the mycomembrane by a channel-like coiled-coil of the TM helices. The PS2 arms mediate trimeric lattice contacts, crystallizing the hexameric units into an intricate semipermeable lattice. Using pulse-chase live cell imaging, we show that the PS2 lattice is incorporated at the poles, coincident with the actinobacterial elongasome. Finally, phylogenetic analysis shows a paraphyletic distribution and dispersed chromosomal location of PS2 in as a result of multiple recombination events and losses. These findings expand our understanding of S-layer biology and enable applications of membrane-supported self-assembling bioengineered materials.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:40729392 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.5 Å
構造データ

51414

9gk2

EMDB-51414, PDB-9gk2:
Surface-layer (S-layer) PS2 protein from Corynebacterium glutamicum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

由来
  • corynebacterium glutamicum (バクテリア)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / S-layer / Corynebacterium / Surface

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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