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タイトルStructural basis of ClC-3 transporter inhibition by TMEM9 and PtdIns(3,5)P.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 10, Page 1972-1979, Year 2025
掲載日2025年7月16日
著者Marina Schrecker / Yeeun Son / Rosa Planells-Cases / Sumanta Kar / Viktoriia Vorobeva / Uwe Schulte / Bernd Fakler / Thomas J Jentsch / Richard K Hite /
PubMed 要旨The trafficking and activity of endosomes relies on the exchange of chloride ions and protons by members of the CLC family of chloride channels and transporters; mutations of the genes encoding these ...The trafficking and activity of endosomes relies on the exchange of chloride ions and protons by members of the CLC family of chloride channels and transporters; mutations of the genes encoding these transporters are associated with numerous diseases. Despite their critical roles, the mechanisms by which CLC transporters are regulated are poorly understood. Here we show that two related accessory β-subunits, TMEM9 and TMEM9B, directly interact with ClC-3, ClC-4 and ClC-5. Cryo-electron microscopy structures reveal that TMEM9 inhibits ClC-3 by sealing the cytosolic entrance to the Cl ion pathway. Unexpectedly, we find that phosphatidylinositol 3,5-bisphosphate (PtdIns(3,5)P) stabilizes the interaction between TMEM9 and ClC-3 and is required for proper regulation of ClC-3 by TMEM9. Collectively, our findings reveal that TMEM9 and PtdIns(3,5)P collaborate to regulate endosomal ion homeostasis by modulating the activity of ClC-3.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:40670814 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.54 - 3.16 Å
構造データ

47066

9dnw

EMDB-47066, PDB-9dnw:
Human ClC-3:noTMEM9
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

47067

9dnx

EMDB-47067, PDB-9dnx:
Human ClC-3:TMEM9, TMEM9 Protomer A and B: Complete
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

47068

9dny

EMDB-47068: Human ClC-3:TMEM9, TMEM9 Protomer A: No CDTMEM9, Protomer B: No LD, No CD
PDB-9dny: Human ClC-3:TMEM9, TMEM9 Protomer A: No CD TMEM9, Protomer B: No LD, No CD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

47069

9dnz

EMDB-47069, PDB-9dnz:
Human ClC-3:TMEM9, TMEM9 Protomer A: Complete, TMEM9 Protomer B: No LD, No CD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

47070

9do0

EMDB-47070, PDB-9do0:
Human ClC-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

化合物

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

PDB-1a8i:
SPIROHYDANTOIN INHIBITOR OF GLYCOGEN PHOSPHORYLASE

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel / lysosomal protein / CLC

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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