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タイトルDe novo design of potent inhibitors of clostridial family toxins.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 39, Page e2509329122, Year 2025
掲載日2025年9月30日
著者Robert J Ragotte / Huazhu Liang / John Tam / Sean Miletic / Jacob M Berman / Roger Palou / Connor Weidle / Zhijie Li / Matthias Glögl / Greg L Beilhartz / Kenneth D Carr / Andrew J Borst / Brian Coventry / Xinru Wang / John L Rubinstein / Mike Tyers / Daniel Schramek / Roman A Melnyk / David Baker /
PubMed 要旨 remains a leading cause of hospital-acquired infections, with its primary virulence factor, toxin B (TcdB), responsible for severe colitis and recurrent disease. The closely related toxin, TcsL, ... remains a leading cause of hospital-acquired infections, with its primary virulence factor, toxin B (TcdB), responsible for severe colitis and recurrent disease. The closely related toxin, TcsL, from , causes a rarer but often fatal toxic shock syndrome, particularly in gynecological and obstetric contexts. We report the de novo design of small protein minibinders that directly neutralize TcdB and TcsL by preventing their entry into host cells. Using deep learning and Rosetta-based approaches, we generated high-affinity minibinders that protect cells from intoxication with picomolar potency and, in the case of TcsL, prolonged survival following lethal toxin challenge in mice. The designed proteins against TcdB demonstrate exceptional stability in proteolytic and acidic environments, making them well-suited for oral delivery-a valuable feature for treating infections localized to the gastrointestinal tract. For TcsL, potent inhibitors were identified from 48 initial designs and 48 optimized designs, highlighting the potential of computational design for rapidly developing countermeasures against life-threatening bacterial toxins.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:40982695 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.02 - 4.61 Å
構造データ

45739

9cm5

EMDB-45739, PDB-9cm5:
CryoEM Strucuture of TcdB in complex with De Novo Minibinder fzd48
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.61 Å

48223

9mf4

EMDB-48223, PDB-9mf4:
De novo designed minibinder complexed with Clostridioides difficile Toxin B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
  • clostridioides difficile (バクテリア)
キーワードTOXIN / TcdB / Clostridium difficile / C. Diff. / fzd48 / De Novo Minibinder / minibinder / de novo / inhibitor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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