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Structure paper

タイトルMolecular insight into microtubule nucleation by the XMAP215/γ-TuRC module.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年5月9日
著者Collin T McManus / Sophie M Travis / Philip D Jeffrey / Rui Zhang / Sabine Petry /
PubMed 要旨It has become increasingly evident in recent years that nucleation of microtubules from a diverse set of microtubule organizing centers (MTOCs) requires both the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) and ...It has become increasingly evident in recent years that nucleation of microtubules from a diverse set of microtubule organizing centers (MTOCs) requires both the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) and the microtubule polymerase XMAP215. Despite their essentiality, little is known about how these nucleation factors interact and work together to generate microtubules. Using biochemical domain analysis of XMAP215 and structural approaches, we find that the XMAP215 C-terminal region interacts broadly with γ-TuRC, involving a sixth TOG domain which binds γ-tubulin. Moreover, TOG6 is required for XMAP215 to promote nucleation from γ-TuRC to its full extent. Interestingly, we find that XMAP215 also depends strongly on TOG5 for microtubule lattice binding and nucleation. We further report a cryo-EM structure of TOG5 bound to the microtubule lattice that reveals promotion of lateral interactions between tubulin dimers. While XMAP215 constructs' effects on nucleation are generally proportional to their effects on polymerization, formation of a direct complex with γ-TuRC allows cooperative nucleation activity. Thus, we propose that XMAP215's C-terminal TOGs 5 and 6 play key roles in nucleation by promoting formation of longitudinal and lateral bonds in nascent γ-TuRC-templated microtubules at cellular MTOCs.
リンクNat Commun / PubMed:42103704 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.33 Å
構造データ

45100

9c13

EMDB-45100, PDB-9c13:
XMAP215 TOG5 interaction with GMPCPP tubulin lattice
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-45101: XMAP215-decorated GMPCPP microtubule
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

化合物

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • bos taurus (ウシ)
キーワードCELL CYCLE / TOG / microtubule

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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