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タイトルThe binding of RbgA to a critical 50S assembly intermediate facilitates YphC function in bacterial ribosomal assembly.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 53, Issue 2, Year 2025
掲載日2025年1月11日
著者Dominic Arpin / Armando Palacios / Kaustuv Basu / Joaquin Ortega /
PubMed 要旨The intricate process of 50S ribosomal subunit assembly in Bacillus subtilis involves multiple parallel pathways converging into a crucial intermediate known as the 45S particle. RbgA and YphC, play ...The intricate process of 50S ribosomal subunit assembly in Bacillus subtilis involves multiple parallel pathways converging into a crucial intermediate known as the 45S particle. RbgA and YphC, play pivotal roles in completing the maturation of the functional sites in the 45S particle. In this work, we found that RbgA and YphC can independently bind the 45S particle with high affinity, but when RbgA binds first to the particle, it significantly increases the binding affinity of YphC. Using cryo-electron microscopy, we determined that the changes exerted by RbgA and YphC when binding independently closely resemble those observed when the two factors bind to the 45S particle simultaneously. However, the structural analysis revealed that RbgA binding causes a conformational change that uncovers the binding site for YphC, thus increasing its binding affinity. We concluded that the functional interplay between RbgA and YphC primarily revolves around one factor promoting the binding of the other, rather than the binding of the two factors inducing entirely new conformational changes compared with those induced by the factors individually. These results highlight the synergic mechanism between two essential assembly factors, underscoring the intricate mechanism bacteria use to maximize the efficiency of the ribosome assembly process.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:39658043 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.3 Å
構造データ

EMDB-44832: 50S assembly intermediate 45SYphC Class 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-44836: 50S assembly intermediate 45SYphC Class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

44849

9bs0

EMDB-44849, PDB-9bs0:
YphC-treated 45SYphC particle. Class 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-44851: YphC-treated 45SYphC particle. Class 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-44852: YphC-treated 45SYphC particle. Class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-44853: YphC-treated 45SYphC particle. Class 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-44854: YphC-treated 45SYphC particle. Class 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

44869

9bsl

EMDB-44869, PDB-9bsl:
45SRbgA particle in complex with RbgA and YphC. Class A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

44871

9bss

EMDB-44871, PDB-9bss:
45SRbgA particle in complex with RbgA and YphC. Class B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • Bacillus subtilis (枯草菌)
  • bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
キーワードRIBOSOME / ribosome assembly / YphC

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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