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タイトルHypoxia-induced ribosomal RNA modifications in the peptidyl-transferase center contribute to anaerobic growth of bacteria.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 86, Issue 1, Page 78-96.e10, Year 2026
掲載日2026年1月8日
著者Kensuke Ishiguro / Karin Midorikawa / Naoki Shigi / Satoshi Kimura / Aivar Liiv / Takeshi Yokoyama / Takuhiro Ito / Mikako Shirouzu / Jaanus Remme / Kenjyo Miyauchi / Tsutomu Suzuki /
PubMed 要旨Ribosomal RNAs (rRNAs) contain various modifications that play critical roles in ribosome assembly and function. Here, we discovered two stereoselective methylations of the rRNA backbone in the ...Ribosomal RNAs (rRNAs) contain various modifications that play critical roles in ribosome assembly and function. Here, we discovered two stereoselective methylations of the rRNA backbone in the peptidyl-transferase center (PTC) of the 50S subunit of Escherichia coli cultured under anaerobic conditions. Methylation occurs at carbon 5'(S) of ribose moieties of dihydrouridine at position 2449 (Dm2449) and 2'-O-metylcytidine at position 2498 (Cmm2498). We identified the rlmX gene, encoding a cobalamin-dependent radical S-adenosylmethionine (SAM) methyltransferase responsible for these methylations. Intriguingly, Dm2449, Cmm2498, and 5-hydroxycytidine (hoC2501) in the PTC were elevated under anaerobic growth conditions. A double knockout strain lacking rlmX and rlhA (responsible for hoC2501) impaired anaerobic growth. Biochemical studies showed that these rRNA modifications stimulate protein synthesis. The cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the ribosome indicated that these hypoxia-induced modifications stabilize the P-site and the PTC. These findings demonstrate that ribosomes are activated by hypoxia-induced modifications to enhance translational capability and thereby survival, under anaerobic conditions.
リンクMol Cell / PubMed:41380683
手法EM (単粒子)
解像度2.59 - 2.68 Å
構造データ

60059

8zff

EMDB-60059, PDB-8zff:
Structure of the Bacterial Ribosome without hypoxia-induced rRNA modifications
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.59 Å

60060

8zfg

EMDB-60060, PDB-8zfg:
Structure of the Bacterial Ribosome with hypoxia-induced rRNA modifications
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

由来
  • escherichia coli bw25113 (大腸菌)
  • escherichia phage t4 (ファージ)
キーワードRIBOSOME / rRNA modifications / translation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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