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タイトルCompetition propels, rather than limits, the success of low-affinity B cells in the germinal center response.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 44, Issue 2, Page 115334, Year 2025
掲載日2025年2月15日
著者Runhan Li / Keyan Bao / Can Liu / Xuejing Ma / Zhaolin Hua / Ping Zhu / Baidong Hou /
PubMed 要旨The germinal center (GC) sets an environment where antigen-specific B cells are compelled to continuously increase their affinity to compete for the antigen and obtain Tfh help for survival and ...The germinal center (GC) sets an environment where antigen-specific B cells are compelled to continuously increase their affinity to compete for the antigen and obtain Tfh help for survival and propagation. Previous studies indicated that low-affinity B cells are disadvantaged in the presence of high-affinity ones, suggesting that competition may lead to the elimination of low-affinity B cells and their descendants. However, using a multivalent virus-mimicking antigen, our study demonstrates that low-affinity B cells not only successfully participate in GC responses alongside high-affinity B cells but also undergo accelerated affinity maturation under the more stringent competition. Furthermore, our cryo-electron-microscopy-based structural analysis reveals that both low-affinity and high-affinity B cells compete for the same antigenic epitope. Although the applicability of this idealized GC competition to true pathogen-induced responses remains uncertain, this change in perspective on the role of competition in low-affinity B cell evolution provides valuable insights for vaccine development.
リンクCell Rep / PubMed:39955776
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 4.3 Å
構造データ

EMDB-37286, PDB-8w5d:
Cryo-EM structure of Qb-Ab1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-37287, PDB-8w5e:
Cryo-EM structure of Qb-Ab4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-37290, PDB-8w5f:
Cryo-EM structure of Qb-Ab6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-37291, PDB-8w5g:
Cryo-EM structure of Qb-Ab7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-37292, PDB-8w5h:
Cryo-EM structure of Qb-Ab10
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-37293, PDB-8w5i:
Cryo-EM structure of Qb-Ab14
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-37296, PDB-8w5l:
Cryo-EM structure of Qb-Ab16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-37297, PDB-8w5m:
Cryo-EM structure of Qb-Ab17
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-37298, PDB-8w5n:
Cryo-EM structure of Qb-Ab21
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-37299, PDB-8w5o:
Cryo-EM structure of Qb-Ab31
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-37300, PDB-8w5p:
Cryo-EM structure of Qb-Ab40
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-37301, PDB-8w5q:
Cryo-EM structure of Qb-Ab45
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-37302, PDB-8w5r:
Cryo-EM structure of Qb-Ab53
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-37303, PDB-8w5t:
Cryo-EM structure of Qb-Ab57
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-37304, PDB-8w5u:
Cryo-EM structure of QbN10F-Ab40
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-37305, PDB-8w5v:
Cryo-EM structure of QbN10K-Ab40
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-37306, PDB-8w5w:
Cryo-EM structure of Qb-Ab8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • escherichia phage qbeta (ファージ)
  • Mus (ネズミ)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Qb / cryo-EM / Antibody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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