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構造解析手法
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Structure paper

タイトルRapid purification reveals structural insights into transient ribosome states
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2024年1月31日 (構造データの登録日)
著者Loerch S / Petrossian E / Smith PR / Campbell PR
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手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.8 Å
構造データ

43564

8vvp

EMDB-43564, PDB-8vvp:
Codon sampling state obtained from Anisomycin-treated mammalian ribosomes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

43565

8vvq

EMDB-43565, PDB-8vvq:
Codon sampling state of elongation inhibitor-treated mammalian ribosomes obtained from merged datasets
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

43566

8vvr

EMDB-43566, PDB-8vvr:
Post-decoding/Post-hydrolysis state obtained from Anisomycin-treated mammalian ribosomes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

43567

8vvs

EMDB-43567, PDB-8vvs:
Post-decoding post-hydrolysis state obtained from merged datasets of elongation inhibitor-treated mammalian ribosomes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

43568

8vvt

EMDB-43568, PDB-8vvt:
Mammalian ribosomes bound to Anisomycin in the rotated conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

43569

8vvu

EMDB-43569, PDB-8vvu:
Anisomycin-bound mammalian ribosome with partially accommodated A-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

43570

8vvv

EMDB-43570, PDB-8vvv:
Mammalian ribosomes bound to Anisomycin in the nonrotated conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-5GP:
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP

ChemComp-ANM:
ANISOMYCIN / アニソマイシン / 抗生剤*YM

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-SER:
SERINE / セリン

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • bos taurus (ウシ)
  • lampyridae (甲虫)
キーワードRIBOSOME/ANTIBIOTIC / ribosome / antibiotic / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex / anisomycin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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