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タイトルCancer-associated DNA hypermethylation of Polycomb targets requires DNMT3A dual recognition of histone H2AK119 ubiquitination and the nucleosome acidic patch.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 35, Page eadp0975, Year 2024
掲載日2024年8月30日
著者Kristjan H Gretarsson / Stephen Abini-Agbomson / Susan L Gloor / Daniel N Weinberg / Jamie L McCuiston / Vishnu Udayakumar Sunitha Kumary / Allison R Hickman / Varun Sahu / Rachel Lee / Xinjing Xu / Natalie Lytell / Samuel Flashner / Oluwatobi A Adeleke / Irina K Popova / Hailey F Taylor / Kelsey Noll / Carolina Lin Windham / Danielle N Maryanski / Bryan J Venters / Hiroshi Nakagawa / Michael-Christopher Keogh / Karim-Jean Armache / Chao Lu /
PubMed 要旨During tumor development, promoter CpG islands that are normally silenced by Polycomb repressive complexes (PRCs) become DNA-hypermethylated. The molecular mechanism by which de novo DNA ...During tumor development, promoter CpG islands that are normally silenced by Polycomb repressive complexes (PRCs) become DNA-hypermethylated. The molecular mechanism by which de novo DNA methyltransferase(s) [DNMT(s)] catalyze CpG methylation at PRC-regulated regions remains unclear. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of the DNMT3A long isoform (DNMT3A1) amino-terminal region in complex with a nucleosome carrying PRC1-mediated histone H2A lysine-119 monoubiquitination (H2AK119Ub). We identify regions within the DNMT3A1 amino terminus that bind H2AK119Ub and the nucleosome acidic patch. This bidentate interaction is required for effective DNMT3A1 engagement with H2AK119Ub-modified chromatin in cells. Further, aberrant redistribution of DNMT3A1 to Polycomb target genes recapitulates the cancer-associated DNA hypermethylation signature and inhibits their transcriptional activation during cell differentiation. This effect is rescued by disruption of the DNMT3A1-acidic patch interaction. Together, our analyses reveal a binding interface critical for mediating promoter CpG island DNA hypermethylation, a major molecular hallmark of cancer.
リンクSci Adv / PubMed:39196936 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.88 Å
構造データ

42636

8uw1

EMDB-42636, PDB-8uw1:
Cryo-EM structure of DNMT3A1 UDR in complex with H2AK119Ub-nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

由来
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli 'bl21-gold(de3)plyss ag' (大腸菌)
キーワードGENE REGULATION / DNMT3A1 / Chromatin / H2A lysine 119 monoubiquitination / DNA Methyltransferase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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