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Structure paper

タイトルTranscription start site scanning requires the fungi-specific hydrophobic loop of Tfb3.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 52, Issue 19, Page 11602-11611, Year 2024
掲載日2024年10月28日
著者Chun Yang / Pratik Basnet / Samah Sharmin / Hui Shen / Craig D Kaplan / Kenji Murakami /
PubMed 要旨RNA polymerase II (pol II) initiates transcription from transcription start sites (TSSs) located ∼30-35 bp downstream of the TATA box in metazoans, whereas in the yeast Saccharomyces cerevisiae, ...RNA polymerase II (pol II) initiates transcription from transcription start sites (TSSs) located ∼30-35 bp downstream of the TATA box in metazoans, whereas in the yeast Saccharomyces cerevisiae, pol II scans further downstream TSSs located ∼40-120 bp downstream of the TATA box. Previously, we found that removal of the kinase module TFIIK (Kin28-Ccl1-Tfb3) from TFIIH shifts the TSS in a yeast in vitro system upstream to the location observed in metazoans and that addition of recombinant Tfb3 back to TFIIH-ΔTFIIK restores the downstream TSS usage. Here, we report that this biochemical activity of yeast TFIIK in TSS scanning is attributable to the Tfb3 RING domain at the interface with pol II in the pre-initiation complex (PIC): especially, swapping Tfb3 Pro51-a residue conserved among all fungi-with Ala or Ser as in MAT1, the metazoan homolog of Tfb3, confers an upstream TSS shift in vitro in a similar manner to the removal of TFIIK. Yeast genetic analysis suggests that both Pro51 and Arg64 of Tfb3 are required to maintain the stability of the Tfb3-pol II interface in the PIC. Cryo-electron microscopy analysis of a yeast PIC lacking TFIIK reveals considerable variability in the orientation of TFIIH, which impairs TSS scanning after promoter opening.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:39287137 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 3.8 Å
構造データ

42437

8uoq

EMDB-42437, PDB-8uoq:
Composite map of PIC_delta_TFIIK form2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

42438

8uot

EMDB-42438, PDB-8uot:
Composite map of PICdeltaTFIIK form1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードTRANSCRIPTION / pol II / Transcription. POL II

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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