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Structure paper

タイトルTFIIH kinase CDK7 drives cell proliferation through a common core transcription factor network.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 9, Page eadr9660, Year 2025
掲載日2025年2月28日
著者Taylor Jones / Junjie Feng / Olivia Luyties / Kira Cozzolino / Lynn Sanford / Jenna K Rimel / Christopher C Ebmeier / Grace S Shelby / Lotte P Watts / Jessica Rodino / Nisha Rajagopal / Shanhu Hu / Finn Brennan / Zachary L Maas / Sydney Alnemy / William F Richter / Adrian F Koh / Nora B Cronin / Ameya Madduri / Jhuma Das / Elliot Cooper / Kristin B Hamman / John P Carulli / Mary A Allen / Sabrina Spencer / Abhay Kotecha / Jason J Marineau / Basil J Greber / Robin D Dowell / Dylan J Taatjes /
PubMed 要旨How cyclin-dependent kinase 7 (CDK7) coordinately regulates the cell cycle and RNA polymerase II transcription remains unclear. Here, high-resolution cryo-electron microscopy revealed how two ...How cyclin-dependent kinase 7 (CDK7) coordinately regulates the cell cycle and RNA polymerase II transcription remains unclear. Here, high-resolution cryo-electron microscopy revealed how two clinically relevant inhibitors block CDK7 function. In cells, CDK7 inhibition rapidly suppressed transcription, but constitutively active genes were disproportionately affected versus stimulus-responsive. Distinct transcription factors (TFs) regulate constitutive versus stimulus-responsive genes. Accordingly, stimulus-responsive TFs were refractory to CDK7 inhibition whereas constitutively active "core" TFs were repressed. Core TFs (n = 78) are predominantly promoter associated and control cell cycle and proliferative gene expression programs across cell types. Mechanistically, rapid suppression of core TF function can occur through CDK7-dependent phosphorylation changes in core TFs and RB1. Moreover, CDK7 inhibition depleted core TF protein levels within hours, consistent with durable target gene suppression. Thus, a major but unappreciated biological function for CDK7 is regulation of a TF cohort that drives proliferation, revealing an apparent universal mechanism by which CDK7 coordinates RNAPII transcription with cell cycle CDK regulation.
リンクSci Adv / PubMed:40020069 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 - 2.4 Å
構造データ

19627

8s0r

EMDB-19627, PDB-8s0r:
Cryo-EM structure of CAK modified by covalent inhibitor SY-1365
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

19628

8s0t

EMDB-19628, PDB-8s0t:
Cryo-EM structure of CAK in complex with SY-5609
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

化合物

PDB-1h46:
The catalytic module of Cel7D from Phanerochaete chrysosporium as a chiral selector: Structural studies of its complex with the b-blocker (R)-propranolol

ChemComp-HOH:
WATER


化合物 画像なし

ChemComp-YNK:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSCRIPTION / Kinase / covalent inhibitor / cell cycle

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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