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タイトルStructure of the MUC5AC VWD3 assembly responsible for the formation of net-like mucin polymers.
ジャーナル・号・ページEMBO Rep, Vol. 26, Issue 6, Page 1457-1471, Year 2025
掲載日2025年2月27日
著者Sergio Trillo-Muyo / Anna Ermund / Gunnar C Hansson /
PubMed 要旨Gel-forming mucins MUC5AC and MUC5B constitute the main structural component of the mucus in the respiratory system. Secreted mucins interact specifically with each other and other molecules giving ...Gel-forming mucins MUC5AC and MUC5B constitute the main structural component of the mucus in the respiratory system. Secreted mucins interact specifically with each other and other molecules giving mucus specific properties. We determined the cryoEM structures of the wild type D3 assembly of the human MUC5AC mucin and the structural single nucleotide polymorphisms (SNP) variants Arg996Gln and Arg1201Trp that affect intermolecular interactions. Our structures explain the MUC5AC N-terminal non-covalent oligomerization after secretion. The D3 assembly forms covalent dimers that can appear in two alternative conformations, open and closed, where the closed conformation dimers interact through an arginine-rich loop in the TIL3 domain to form tetramers. Our study provides a model to explain MUC5AC net-like structures and how the two SNPs will affect mucus organization, something that might affect lung and other diseases.
リンクEMBO Rep / PubMed:40016425 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.94 - 3.69 Å
構造データ

18638

8qsp

EMDB-18638, PDB-8qsp:
MUC5AC D3 assembly. SNP rs36189285: Arg996Gln.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.69 Å

18648

8qtb

EMDB-18648, PDB-8qtb:
MUC5AC D'D3CysD1 domains. SNP rs36189285: Arg996Gln.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

18654

8qtv

EMDB-18654, PDB-8qtv:
MUC5AC D'D3CysD1 domains.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

18828

8r1u

EMDB-18828, PDB-8r1u:
MUC5AC D3 assembly. SNP rs878913005: Arg1201Trp.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

18829

8r1z

EMDB-18829, PDB-8r1z:
MUC5AC D3 assembly. SNPs rs36189285, rs878913005: Arg996Gln, Arg1201Trp.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / gelforming glycoprotein / Mucin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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