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Structure paper

タイトルCryo-EM observation of the amyloid key structure of polymorphic TDP-43 amyloid fibrils.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 486, Year 2024
掲載日2024年1月12日
著者Kartikay Sharma / Fabian Stockert / Jayakrishna Shenoy / Mélanie Berbon / Muhammed Bilal Abdul-Shukkoor / Birgit Habenstein / Antoine Loquet / Matthias Schmidt / Marcus Fändrich /
PubMed 要旨The transactive response DNA-binding protein-43 (TDP-43) is a multi-facet protein involved in phase separation, RNA-binding, and alternative splicing. In the context of neurodegenerative diseases, ...The transactive response DNA-binding protein-43 (TDP-43) is a multi-facet protein involved in phase separation, RNA-binding, and alternative splicing. In the context of neurodegenerative diseases, abnormal aggregation of TDP-43 has been linked to amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal lobar degeneration through the aggregation of its C-terminal domain. Here, we report a cryo-electron microscopy (cryo-EM)-based structural characterization of TDP-43 fibrils obtained from the full-length protein. We find that the fibrils are polymorphic and contain three different amyloid structures. The structures differ in the number and relative orientation of the protofilaments, although they share a similar fold containing an amyloid key motif. The observed fibril structures differ from previously described conformations of TDP-43 fibrils and help to better understand the structural landscape of the amyloid fibril structures derived from this protein.
リンクNat Commun / PubMed:38212334 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度3.76 - 4.05 Å
構造データ

18715

8qx9

EMDB-18715, PDB-8qx9:
TDP-43 amyloid fibrils: Morphology-1a
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.76 Å

18716

8qxa

EMDB-18716, PDB-8qxa:
TDP-43 amyloid fibrils: Morphology-1b
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.05 Å

18717

8qxb

EMDB-18717, PDB-8qxb:
TDP-43 amyloid fibrils: Morphology-2
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.86 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloidosis / Protein misfolding disease / Amyloid fibrils / Cryo electron microscopy / Amyloid key

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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