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タイトルNucleosome flipping drives kinetic proofreading and processivity by SWR1.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 636, Issue 8041, Page 251-257, Year 2024
掲載日2024年11月6日
著者Paul Girvan / Adam S B Jalal / Elizabeth A McCormack / Michael T Skehan / Carol L Knight / Dale B Wigley / David S Rueda /
PubMed 要旨The yeast SWR1 complex catalyses the exchange of histone H2A-H2B dimers in nucleosomes, with Htz1-H2B dimers. Here we used single-molecule analysis to demonstrate two-step double exchange of the two ...The yeast SWR1 complex catalyses the exchange of histone H2A-H2B dimers in nucleosomes, with Htz1-H2B dimers. Here we used single-molecule analysis to demonstrate two-step double exchange of the two H2A-H2B dimers in a canonical yeast nucleosome with Htz1-H2B dimers, and showed that double exchange can be processive without release of the nucleosome from the SWR1 complex. Further analysis showed that bound nucleosomes flip between two states, with each presenting a different face, and hence histone dimer, to SWR1. The bound dwell time is longer when an H2A-H2B dimer is presented for exchange than when presented with an Htz1-H2B dimer. A hexasome intermediate in the reaction is bound to the SWR1 complex in a single orientation with the 'empty' site presented for dimer insertion. Cryo-electron microscopy analysis revealed different populations of complexes showing nucleosomes caught 'flipping' between different conformations without release, each placing a different dimer into position for exchange, with the Swc2 subunit having a key role in this process. Together, the data reveal a processive mechanism for double dimer exchange that explains how SWR1 can 'proofread' the dimer identities within nucleosomes.
リンクNature / PubMed:39506114 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 4.7 Å
構造データ

18471

8qku

EMDB-18471, PDB-8qku:
SWR1-nucleosome complex in configuration 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

18472

8qkv

EMDB-18472, PDB-8qkv:
SWR1-nucleosome complex in configuration 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Chromatin remodelling complex / nucleosome / protein-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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