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タイトルClosed and open structures of the eukaryotic magnesium channel Mrs2 reveal the auto-ligand-gating regulation mechanism.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 3, Page 491-501, Year 2025
掲載日2024年11月28日
著者Ping Li / Shiyan Liu / Johan Wallerstein / Rhiza Lyne E Villones / Peng Huang / Karin Lindkvist-Petersson / Gabriele Meloni / Kefeng Lu / Kristine Steen Jensen / Sara I Liin / Pontus Gourdon /
PubMed 要旨The CorA/Mrs2 family of pentameric proteins are cardinal for the influx of Mg across cellular membranes, importing the cation to mitochondria in eukaryotes. Yet, the conducting and regulation ...The CorA/Mrs2 family of pentameric proteins are cardinal for the influx of Mg across cellular membranes, importing the cation to mitochondria in eukaryotes. Yet, the conducting and regulation mechanisms of permeation remain elusive, particularly for the eukaryotic Mrs2 members. Here, we report closed and open Mrs2 cryo-electron microscopy structures, accompanied by functional characterization. Mg flux is permitted by a narrow pore, gated by methionine and arginine residues in the closed state. Transition between the conformations is orchestrated by two pairs of conserved sensor-serving Mg-binding sites in the mitochondrial matrix lumen, located in between monomers. At lower levels of Mg, these ions are stripped, permitting an alternative, symmetrical shape, maintained by the RDLR motif that replaces one of the sensor site pairs in the open conformation. Thus, our findings collectively establish the molecular basis for selective Mg influx of Mrs2 and an auto-ligand-gating regulation mechanism.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39609652 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.68 - 3.22 Å
構造データ

18256

8q8p

EMDB-18256, PDB-8q8p:
Cryo-EM structure of the magnesium channel CtMrs2 in the closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

18257

8q8q

EMDB-18257, PDB-8q8q:
Cryo-EM structure of the magnesium channel CtMrs2 in the open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-LOP:
(1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE / リン脂質*YM

由来
  • thermochaetoides thermophila (菌類)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Magnesium channel Mrs2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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