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タイトルAn SI3-σ arch stabilizes cyanobacteria transcription initiation complex.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 120, Issue 16, Page e2219290120, Year 2023
掲載日2023年4月18日
著者Liqiang Shen / Giorgio Lai / Linlin You / Jing Shi / Xiaoxian Wu / Maria Puiu / Zhanxi Gu / Yu Feng / Yulia Yuzenkova / Yu Zhang /
PubMed 要旨Multisubunit RNA polymerases (RNAPs) associate with initiation factors (σ in bacteria) to start transcription. The σ factors are responsible for recognizing and unwinding promoter DNA in all ...Multisubunit RNA polymerases (RNAPs) associate with initiation factors (σ in bacteria) to start transcription. The σ factors are responsible for recognizing and unwinding promoter DNA in all bacterial RNAPs. Here, we report two cryo-EM structures of cyanobacterial transcription initiation complexes at near-atomic resolutions. The structures show that cyanobacterial RNAP forms an "SI3-σ" arch interaction between domain 2 of σ (σ) and sequence insertion 3 (SI3) in the mobile catalytic domain Trigger Loop (TL). The "SI3-σ" arch facilitates transcription initiation from promoters of different classes through sealing the main cleft and thereby stabilizing the RNAP-promoter DNA open complex. Disruption of the "SI3-σ" arch disturbs cyanobacteria growth and stress response. Our study reports the structure of cyanobacterial RNAP and a unique mechanism for its transcription initiation. Our data suggest functional plasticity of SI3 and provide the foundation for further research into cyanobacterial and chloroplast transcription.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:37036976 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.552 - 3.13 Å
構造データ

34397

8gzg

EMDB-34397, PDB-8gzg:
Cryo-EM structure of Synechocystis sp. PCC 6803 RPitc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

34398

8gzh

EMDB-34398, PDB-8gzh:
Cryo-EM structure of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

PDB-8h02:
Crystal structure of Synechococcus elongatus PCC 7942 RNA polymerase SI3-tail
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.552 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CTP:
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • synechocystis sp. pcc 6803 (バクテリア)
  • synthetic construct (人工物)
  • synechococcus elongatus (strain pcc 7942 / fachb-805) (バクテリア)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA/RNA / Cryo-EM / Synechocystis sp. PCC 6803 / Syn6803 / Transcription initiation / RPitc / Transcription / Cyanobacteria / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex / CTP-bound RPitc / RNA polymerase / SI3

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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