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タイトルDistinct in vitro and in vivo neutralization profiles of monoclonal antibodies elicited by the receptor binding domain of the ancestral SARS-CoV-2.
ジャーナル・号・ページJ Med Virol, Vol. 95, Issue 3, Page e28673, Year 2023
掲載日2023年3月30日
著者Hyung J Kwon / Jun Zhang / Matina Kosikova / Weichun Tang / Uriel Ortega-Rodriguez / Hanqin Peng / Clement A Meseda / Cyntia L Pedro / Falko Schmeisser / Jianming Lu / Insung Kang / Bin Zhou / Charles T Davis / David E Wentworth / Wilbur H Chen / Mallory C Shriver / Robin S Barnes / Marcela F Pasetti / Jerry P Weir / Bing Chen / Hang Xie /
PubMed 要旨Broadly neutralizing antibodies against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants are sought to curb coronavirus disease 2019 (COVID-19) infections. Here we produced and ...Broadly neutralizing antibodies against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants are sought to curb coronavirus disease 2019 (COVID-19) infections. Here we produced and characterized a set of mouse monoclonal antibodies (mAbs) specific for the ancestral SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD). Two of them, 17A7 and 17B10, were highly potent in microneutralization assay with 50% inhibitory concentration (IC ) ≤135 ng/mL against infectious SARS-CoV-2 variants, including G614, Alpha, Beta, Gamma, Delta, Epsilon, Zeta, Kappa, Lambda, B.1.1.298, B.1.222, B.1.5, and R.1. Both mAbs (especially 17A7) also exhibited strong in vivo efficacy in protecting K18-hACE2 transgenic mice from the lethal infection with G614, Alpha, Beta, Gamma, and Delta viruses. Structural analysis indicated that 17A7 and 17B10 target the tip of the receptor binding motif in the RBD-up conformation. A third RBD-reactive mAb (3A6) although escaped by Beta and Gamma, was highly effective in cross-neutralizing Delta and Omicron BA.1 variants in vitro and in vivo. In competition experiments, antibodies targeting epitopes similar to these 3 mAbs were rarely enriched in human COVID-19 convalescent sera or postvaccination sera. These results are helpful to inform new antibody/vaccine design and these mAbs can be useful tools for characterizing SARS-CoV-2 variants and elicited antibody responses.
リンクJ Med Virol / PubMed:36916782 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.6 Å
構造データ

40094

8gjm

EMDB-40094, PDB-8gjm:
17b10 fab in complex with full-length SARS-CoV-2 Spike G614 trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

40095

8gjn

EMDB-40095, PDB-8gjn:
17B10 fab in complex with up-RBD of SARS-CoV-2 Spike G614 trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRAL PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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