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Structure paper

タイトルStructural and computational design of a SARS-CoV-2 spike antigen with improved expression and immunogenicity.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 9, Issue 23, Page eadg0330, Year 2023
掲載日2023年6月9日
著者James A Williams / Marco Biancucci / Laura Lessen / Sai Tian / Ankita Balsaraf / Lynn Chen / Chelsy Chesterman / Giulietta Maruggi / Sarah Vandepaer / Ying Huang / Corey P Mallett / Ann-Muriel Steff / Matthew James Bottomley / Enrico Malito / Newton Wahome / Wayne D Harshbarger /
PubMed 要旨Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern challenge the efficacy of approved vaccines, emphasizing the need for updated spike antigens. Here, we use an ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern challenge the efficacy of approved vaccines, emphasizing the need for updated spike antigens. Here, we use an evolutionary-based design aimed at boosting protein expression levels of S-2P and improving immunogenic outcomes in mice. Thirty-six prototype antigens were generated in silico and 15 were produced for biochemical analysis. S2D14, which contains 20 computationally designed mutations within the S2 domain and a rationally engineered D614G mutation in the SD2 domain, has an ~11-fold increase in protein yield and retains RBD antigenicity. Cryo-electron microscopy structures reveal a mixture of populations in various RBD conformational states. Vaccination of mice with adjuvanted S2D14 elicited higher cross-neutralizing antibody titers than adjuvanted S-2P against the SARS-CoV-2 Wuhan strain and four variants of concern. S2D14 may be a useful scaffold or tool for the design of future coronavirus vaccines, and the approaches used for the design of S2D14 may be broadly applicable to streamline vaccine discovery.
リンクSci Adv / PubMed:37285422 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.3 Å
構造データ

28531

8epn

EMDB-28531, PDB-8epn:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike trimer S2D14 in the 3-RBD Down conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

28532

8epp

EMDB-28532, PDB-8epp:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike trimer S2D14 with two RBDs in the open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

28533

8epq

EMDB-28533, PDB-8epq:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Spike trimer S2D14 with two RBDs exposed
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Glycoprotein / trimer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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