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タイトルMultistate kinetics of the syringe-like injection mechanism of Tc toxins.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 1, Page eadr2019, Year 2025
掲載日2025年1月3日
著者Peter Njenga Ng'ang'a / Julian Folz / Svetlana Kucher / Daniel Roderer / Ying Xu / Oleg Sitsel / Alexander Belyy / Daniel Prumbaum / Ralf Kühnemuth / Tufa E Assafa / Min Dong / Claus A M Seidel / Enrica Bordignon / Stefan Raunser /
PubMed 要旨Tc toxins are pore-forming virulence factors of many pathogenic bacteria. Following pH-induced conformational changes, they perforate the target membrane like a syringe to translocate toxic enzymes ...Tc toxins are pore-forming virulence factors of many pathogenic bacteria. Following pH-induced conformational changes, they perforate the target membrane like a syringe to translocate toxic enzymes into a cell. Although this complex transformation has been structurally well studied, the reaction pathway and the resulting temporal evolution have remained elusive. We used an integrated biophysical approach to monitor prepore-to-pore transition and found a reaction time of ~30 hours for a complete transition. We show two asynchronous general steps of the process, shell opening and channel ejection, with the overall reaction pathway being a slow multistep process involving three intermediates. Liposomes, an increasingly high pH, or receptors facilitate shell opening, which is directly correlated with an increased rate of the prepore-to-pore transition. Channel ejection is a near-instantaneous process which occurs with a transition time of <60 milliseconds. Understanding the mechanism of action of Tc toxins and unveiling modulators of the kinetics are key steps toward their application as biomedical devices or biopesticides.
リンクSci Adv / PubMed:39752508 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.6 Å
構造データ

16791

8cpz

EMDB-16791, PDB-8cpz:
Photorhabdus luminescens TcdA1 prepore-to-pore intermediate, K1179W mutant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

16792

8cq0

EMDB-16792, PDB-8cq0:
Photorhabdus luminescens TcdA1 prepore-to-pore intermediate, K567W K2008W mutant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

16793

8cq2

EMDB-16793, PDB-8cq2:
Photorhabdus luminescens TcdA1 prepore-to-pore intermediate, C16S, C20S, C870S, T1279C mutant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

由来
  • photorhabdus luminescens (バクテリア)
キーワードTOXIN / Bacterial toxin / Tc toxin

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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