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タイトルPurification and structural characterization of the Na-translocating ferredoxin: NAD reductase (Rnf) complex of Clostridium tetanomorphum.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 6315, Year 2022
掲載日2022年10月23日
著者Stella Vitt / Simone Prinz / Martin Eisinger / Ulrich Ermler / Wolfgang Buckel /
PubMed 要旨Various microbial metabolisms use H/Na-translocating ferredoxin:NAD reductase (Rnf) either to exergonically oxidize reduced ferredoxin by NAD for generating a transmembrane electrochemical potential ...Various microbial metabolisms use H/Na-translocating ferredoxin:NAD reductase (Rnf) either to exergonically oxidize reduced ferredoxin by NAD for generating a transmembrane electrochemical potential or reversely to exploit the latter for producing reduced ferredoxin. For cryo-EM structural analysis, we elaborated a quick four-step purification protocol for the Rnf complex from Clostridium tetanomorphum and integrated the homogeneous and active enzyme into a nanodisc. The obtained 4.27 Å density map largely allows chain tracing and redox cofactor identification complemented by biochemical data from entire Rnf and single subunits RnfB, RnfC and RnfG. On this basis, we postulated an electron transfer route between ferredoxin and NAD via eight [4Fe-4S] clusters, one Fe ion and four flavins crossing the cell membrane twice related to the pathway of NADH:ubiquinone reductase. Redox-coupled Na translocation is provided by orchestrating Na uptake/release, electrostatic effects of the assumed membrane-integrated FMN semiquinone anion and accompanied polypeptide rearrangements mediated by different redox steps.
リンクNat Commun / PubMed:36274063 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.27 Å
構造データ

14622

7zc6

EMDB-14622, PDB-7zc6:
Na+ - translocating ferredoxin: NAD+ reductase (Rnf) of C. tetanomorphum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.27 Å

化合物

ChemComp-FE:
Unknown entry / 鉄

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

ChemComp-RBF:
RIBOFLAVIN / リボフラビン / リボフラビン

由来
  • clostridium tetanomorphum (バクテリア)
キーワードFLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / Rnf / flavin / iron-sulfur cluster (鉄・硫黄クラスター) / sodium ion translocation / anaerobic energy metabolism / oxidoreductase (酸化還元酵素) / electron transport (電子伝達系) / redox-coupled sodium pump

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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