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Structure paper

タイトルLigand recognition and biased agonism of the D1 dopamine receptor.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 3186, Year 2022
掲載日2022年6月8日
著者Xiao Teng / Sijia Chen / Yingying Nie / Peng Xiao / Xiao Yu / Zhenhua Shao / Sanduo Zheng /
PubMed 要旨Dopamine receptors are widely distributed in the central nervous system and are important therapeutic targets for treatment of various psychiatric and neurological diseases. Here, we report three ...Dopamine receptors are widely distributed in the central nervous system and are important therapeutic targets for treatment of various psychiatric and neurological diseases. Here, we report three cryo-electron microscopy structures of the D1 dopamine receptor (D1R)-Gs complex bound to two agonists, fenoldopam and tavapadon, and a positive allosteric modulator LY3154207. The structure reveals unusual binding of two fenoldopam molecules, one to the orthosteric binding pocket (OBP) and the other to the extended binding pocket (EBP). In contrast, one elongated tavapadon molecule binds to D1R, extending from OBP to EBP. Moreover, LY3154207 stabilizes the second intracellular loop of D1R in an alpha helical conformation to efficiently engage the G protein. Through a combination of biochemical, biophysical and cellular assays, we further show that the broad conformation stabilized by two fenoldopam molecules and interaction between TM5 and the agonist are important for biased signaling of D1R.
リンクNat Commun / PubMed:35676276 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.3 Å
構造データ

32964

7x2c

EMDB-32964, PDB-7x2c:
Cryo-EM structure of the fenoldopam-bound D1 dopamine receptor and mini-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

32965

7x2d

EMDB-32965, PDB-7x2d:
Cryo-EM structure of the tavapadon-bound D1 dopamine receptor and mini-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

32966

7x2f

EMDB-32966, PDB-7x2f:
Cryo-EM structure of the dopamine and LY3154207-bound D1 dopamine receptor and mini-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

ChemComp-G3C:
(1R)-6-chloranyl-1-(4-hydroxyphenyl)-2,3,4,5-tetrahydro-1H-3-benzazepine-7,8-diol / SKF R-82526

ChemComp-86W:
1,5-dimethyl-6-[2-methyl-4-[3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]oxy-phenyl]pyrimidine-2,4-dione / アゴニスト*YM / Tavapadon

ChemComp-G4C:
2-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-1-[(1S,3R)-3-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-(3-methyl-3-oxidanyl-butyl)-3,4-dihydro-1H-isoquinolin-2-yl]ethanone

ChemComp-LDP:
L-DOPAMINE / ド-パミン / 薬剤*YM / Dopamine (medication)

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / dopamine receptor (ドーパミン受容体) / mini-Gs / membrane protein (膜タンパク質) / tavapadon

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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