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Structure paper

タイトルStructural mechanism of heat-induced opening of a temperature-sensitive TRP channel.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 28, Issue 7, Page 564-572, Year 2021
掲載日2021年7月8日
著者Kirill D Nadezhdin / Arthur Neuberger / Yuri A Trofimov / Nikolay A Krylov / Viktor Sinica / Nikita Kupko / Viktorie Vlachova / Eleonora Zakharian / Roman G Efremov / Alexander I Sobolevsky /
PubMed 要旨Numerous physiological functions rely on distinguishing temperature through temperature-sensitive transient receptor potential channels (thermo-TRPs). Although the function of thermo-TRPs has been ...Numerous physiological functions rely on distinguishing temperature through temperature-sensitive transient receptor potential channels (thermo-TRPs). Although the function of thermo-TRPs has been studied extensively, structural determination of their heat- and cold-activated states has remained a challenge. Here, we present cryo-EM structures of the nanodisc-reconstituted wild-type mouse TRPV3 in three distinct conformations: closed, heat-activated sensitized and open states. The heat-induced transformations of TRPV3 are accompanied by changes in the secondary structure of the S2-S3 linker and the N and C termini and represent a conformational wave that links these parts of the protein to a lipid occupying the vanilloid binding site. State-dependent differences in the behavior of bound lipids suggest their active role in thermo-TRP temperature-dependent gating. Our structural data, supported by physiological recordings and molecular dynamics simulations, provide an insight for understanding the molecular mechanism of temperature sensing.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:34239124 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度1.98 - 3.86 Å
構造データ

23853

7mij

EMDB-23853, PDB-7mij:
Mouse TRPV3 in MSP2N2 nanodiscs, closed state at 4 degrees Celsius
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.98 Å

23854

7mik

EMDB-23854, PDB-7mik:
Mouse TRPV3 in MSP2N2 nanodiscs, closed state at 42 degrees Celsius
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

23855

7mil

EMDB-23855, PDB-7mil:
Mouse TRPV3 in MSP2N2 nanodiscs, sensitized state at 42 degrees Celsius
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.86 Å

23856

7mim

EMDB-23856, PDB-7mim:
Mouse TRPV3 in cNW11 nanodiscs, closed state at 4 degrees Celsius
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.42 Å

23857

7min

EMDB-23857, PDB-7min:
Mouse TRPV3 in cNW11 nanodiscs, closed state at 42 degrees Celsius
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

23858

7mio

EMDB-23858, PDB-7mio:
Mouse TRPV3 in cNW11 nanodiscs, open state at 42 degrees Celsius
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.48 Å

化合物

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Transient Receptor Potential V Family Member 3 / TRP channel / TRPV3 / closed state at 4 degrees Celsius / MSP2N2 / closed state at 42 degrees Celsius / sensitized state at 42 degrees Celsius / cNW11 / open state at 42 degrees Celsius

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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