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Structure paper

タイトルStructure-activity relationships can be directly extracted from high-throughput crystallographic evaluation of fragment elaborations in crude reaction mixtures.
ジャーナル・号・ページChem Sci, Year 2025
掲載日2023年3月9日 (構造データの登録日)
著者Grosjean, H. / Fieseler, K.K. / Sanchez-Garcia, R. / Thompson, W. / Deane, C.M. / von Delft, F. / Biggin, P.C.
リンクChem Sci / PubMed:41536431
手法X線回折
解像度1.15 - 1.43 Å
構造データ

PDB-7fus:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z44602363
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fut:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z44602357
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.18 Å

PDB-7fuu:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z445977856
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.16 Å

PDB-7fuv:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z183376720
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.19 Å

PDB-7fuw:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z961579360
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.19 Å

PDB-7fux:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z183480798
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.22 Å

PDB-7fuy:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z1284554279
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fuz:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z4307421429
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.43 Å

PDB-7fv0:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z44602337
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.21 Å

PDB-7fv1:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z4912742920
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.19 Å

PDB-7fv2:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z445899798
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fv3:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z4912742924
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fv4:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z44602341
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fv5:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z606695272
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fv6:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z1334218055
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.19 Å

PDB-7fv7:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z1929967066
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.25 Å

PDB-7fv8:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z964297186
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fv9:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z1004253138
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.17 Å

PDB-7fva:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z4913872963
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.19 Å

PDB-7fvb:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z6617539657
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.38 Å

PDB-7fvc:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z495704106
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.18 Å

PDB-7fvd:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z1424453050
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.36 Å

PDB-7fve:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z488932160
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.19 Å

PDB-7fvf:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z123605878
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fvg:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z992453336
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fvh:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z5067911819
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fvi:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z183306756
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.18 Å

PDB-7fvj:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z4913873236
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.19 Å

PDB-7fvk:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z409964562
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fvl:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z4140355932
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fvm:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z1590917771
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.26 Å

PDB-7fvn:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z371875396
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fvo:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z1435810807
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.19 Å

PDB-7fvp:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z1004277578
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fvq:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z68576046
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-7fvr:
PanDDA analysis group deposition -- PHIP in complex with Z166737374
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.19 Å

化合物

ChemComp-ZIM:
N-(2-chlorophenyl)-4-(furan-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ZJ8:
4-(furan-2-carbonyl)-N-propylpiperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZJE:
N-{[(2S)-oxolan-2-yl]methyl}-4-(thiophene-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZJI:
N-cyclopropyl-4-(furan-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZJN:
(3S)-2-benzyl-N'-[4-(furan-2-carbonyl)piperazine-1-carbonyl]-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carbohydrazide

ChemComp-ZJR:
4-(furan-2-carbonyl)-N-(prop-2-yn-1-yl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZJW:
N-[2-(3-ethyl-4H-1,2,4-triazol-4-yl)ethyl]-4-(5-methylthiophene-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZK0:
N-tert-butyl-4-(2,3,3-trimethyl-3H-indole-5-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZK6:
4-(furan-2-carbonyl)-N-phenylpiperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZKC:
tert-butyl [3-({[4-(furan-2-carbonyl)piperazine-1-carbonyl]amino}methyl)phenyl]carbamate

ChemComp-ZKH:
N-(2-methoxyethyl)-4-(thiophene-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZKL:
(2R)-N-butyl-4-(furan-2-carbonyl)-2-methylpiperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZKQ:
N-(2-fluorophenyl)-4-(furan-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZKU:
4-(furan-2-carbonyl)-N-(pyridin-2-yl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZKZ:
N-methyl-4-[5-(phenoxymethyl)furan-2-carbonyl]piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZL3:
(3R)-4-(furan-2-carbonyl)-3-methyl-N-(propan-2-yl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZL8:
4-(3-chlorobenzoyl)-N-[3-(6,7-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-5(4H)-yl)-3-oxopropyl]-1,4-diazepane-1-carboxamide

ChemComp-ZLC:
4-(5-methylfuran-2-carbonyl)-N-[(thiophen-2-yl)methyl]piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZLH:
(2S)-N-(cyclopropylmethyl)-4-(furan-2-carbonyl)-2-methylpiperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZLW:
N-(2-aminoethyl)-4-(furan-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZM6:
N-(cyclopropylmethyl)-4-(3,4-dichlorobenzoyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZM0:
4-(thieno[3,2-b]thiophene-2-carbonyl)-N-[(2S)-2,3,3-trimethylbutyl]piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZMN:
4-(5-bromofuran-2-carbonyl)-N-[3-(3-methylphenoxy)propyl]piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZMW:
N-benzyl-4-(furan-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZNX:
N-(4-methoxyphenyl)-4-(5-methylfuran-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZOH:
(2R)-4-(furan-3-carbonyl)-N-(4-methoxyphenyl)-2-methylpiperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZO5:
N-[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]-4-(furan-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZOK:
(2S)-4-(furan-2-carbonyl)-2-methyl-N-(2,2,2-trifluoroethyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZOU:
4-(furan-2-carbonyl)-N-(2-methoxy-5-methylphenyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZP0:
N-{[(2S)-5,5-dimethyl-1,4-dioxan-2-yl]methyl}-4-(3-hydroxybenzoyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZP5:
4-(furan-2-carbonyl)-N-(1,2-oxazol-3-yl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZPB:
N-(propan-2-yl)-4-(thiophene-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZPL:
N-[2-(4,5-dimethyl-1,3-thiazol-2-yl)ethyl]-4-(thiophene-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZQ0:
N-butyl-4-(5-methylfuran-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZQ5:
N-butyl-4-(thiophene-2-carbonyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-ZQ9:
4-(thiophene-2-carbonyl)-N-[(thiophen-2-yl)methyl]piperazine-1-carboxamide

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / False negatives / ligand features / rescreening / catalogue / fragment follow-ups / automated chemistry

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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