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タイトルLigand recognition and allosteric regulation of DRD1-Gs signaling complexes.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 184, Issue 4, Page 943-956.e18, Year 2021
掲載日2021年2月18日
著者Peng Xiao / Wei Yan / Lu Gou / Ya-Ni Zhong / Liangliang Kong / Chao Wu / Xin Wen / Yuan Yuan / Sheng Cao / Changxiu Qu / Xin Yang / Chuan-Cheng Yang / Anjie Xia / Zhenquan Hu / Qianqian Zhang / Yong-Hao He / Dao-Lai Zhang / Chao Zhang / Gui-Hua Hou / Huanxiang Liu / Lizhe Zhu / Ping Fu / Shengyong Yang / Daniel M Rosenbaum / Jin-Peng Sun / Yang Du / Lei Zhang / Xiao Yu / Zhenhua Shao /
PubMed 要旨Dopamine receptors, including D1- and D2-like receptors, are important therapeutic targets in a variety of neurological syndromes, as well as cardiovascular and kidney diseases. Here, we present five ...Dopamine receptors, including D1- and D2-like receptors, are important therapeutic targets in a variety of neurological syndromes, as well as cardiovascular and kidney diseases. Here, we present five cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the dopamine D1 receptor (DRD1) coupled to Gs heterotrimer in complex with three catechol-based agonists, a non-catechol agonist, and a positive allosteric modulator for endogenous dopamine. These structures revealed that a polar interaction network is essential for catecholamine-like agonist recognition, whereas specific motifs in the extended binding pocket were responsible for discriminating D1- from D2-like receptors. Moreover, allosteric binding at a distinct inner surface pocket improved the activity of DRD1 by stabilizing endogenous dopamine interaction at the orthosteric site. DRD1-Gs interface revealed key features that serve as determinants for G protein coupling. Together, our study provides a structural understanding of the ligand recognition, allosteric regulation, and G protein coupling mechanisms of DRD1.
リンクCell / PubMed:33571432 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.54 Å
構造データ

30392

7ckw

EMDB-30392, PDB-7ckw:
Cryo-EM structure of Fenoldopam bound dopamine receptor DRD1-Gs signaling complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

30393

7ckx

EMDB-30393, PDB-7ckx:
Cryo-EM structure of A77636 bound dopamine receptor DRD1-Gs signaling complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

30394

7cky

EMDB-30394, PDB-7cky:
Cryo-EM structure of PW0464 bound dopamine receptor DRD1-Gs signaling complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

30395

7ckz

EMDB-30395, PDB-7ckz:
Cryo-EM structure of Dopamine and LY3154207 bound dopamine receptor DRD1-Gs signaling complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

30452

7crh

EMDB-30452, PDB-7crh:
Cryo-EM structure of SKF83959 bound dopamine receptor DRD1-Gs signaling complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-G3C:
(1R)-6-chloranyl-1-(4-hydroxyphenyl)-2,3,4,5-tetrahydro-1H-3-benzazepine-7,8-diol / SKF R-82526

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

ChemComp-G3O:
(1R,3S)-3-(1-adamantyl)-1-(aminomethyl)-3,4-dihydro-1H-isochromene-5,6-diol / A-77637

ChemComp-G3U:
6-[4-[3-[bis(fluoranyl)methoxy]pyridin-2-yl]oxy-2-methyl-phenyl]-1,5-dimethyl-pyrimidine-2,4-dione

ChemComp-LDP:
L-DOPAMINE / ド-パミン / 薬剤*YM / Dopamine (medication)

ChemComp-G4C:
2-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-1-[(1S,3R)-3-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-(3-methyl-3-oxidanyl-butyl)-3,4-dihydro-1H-isoquinolin-2-yl]ethanone

ChemComp-GBU:
(1S)-6-chloranyl-3-methyl-1-(3-methylphenyl)-1,2,4,5-tetrahydro-3-benzazepine-7,8-diol

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / transmembrane protein (膜貫通型タンパク質) / signaling transduction / transduction / complex / signaling complex / cell signaling

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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