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Structure paper

タイトルStructure-guided covalent stabilization of coronavirus spike glycoprotein trimers in the closed conformation.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 27, Issue 10, Page 942-949, Year 2020
掲載日2020年8月4日
著者Matthew McCallum / Alexandra C Walls / John E Bowen / Davide Corti / David Veesler /
PubMed 要旨SARS-CoV-2 is the causative agent of the COVID-19 pandemic, with 10 million infections and more than 500,000 fatalities by June 2020. To initiate infection, the SARS-CoV-2 spike (S) glycoprotein ...SARS-CoV-2 is the causative agent of the COVID-19 pandemic, with 10 million infections and more than 500,000 fatalities by June 2020. To initiate infection, the SARS-CoV-2 spike (S) glycoprotein promotes attachment to the host cell surface and fusion of the viral and host membranes. Prefusion SARS-CoV-2 S is the main target of neutralizing antibodies and the focus of vaccine design. However, its limited stability and conformational dynamics are limiting factors for developing countermeasures against this virus. We report here the design of a construct corresponding to the prefusion SARS-CoV-2 S ectodomain trimer, covalently stabilized by a disulfide bond in the closed conformation. Structural and antigenicity analyses show we successfully shut S in the closed state without otherwise altering its architecture. We demonstrate that this strategy is applicable to other β-coronaviruses, such as SARS-CoV and MERS-CoV, and might become an important tool for structural biology, serology, vaccine design and immunology studies.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:32753755 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 Å
構造データ

22083

6x79

EMDB-22083, PDB-6x79:
Prefusion SARS-CoV-2 S ectodomain trimer covalently stabilized in the closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / coronavirus spike glycoprotein / fusion protein (融合タンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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