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Structure paper

タイトルPathogenic siderophore ABC importer YbtPQ adopts a surprising fold of exporter.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 6, Issue 6, Page eaay7997, Year 2020
掲載日2020年2月5日
著者Zhiming Wang / Wenxin Hu / Hongjin Zheng /
PubMed 要旨To fight for essential metal ions, human pathogens secrete virulence-associated siderophores and retake the metal-chelated siderophores through a subfamily of adenosine triphosphate (ATP)-binding ...To fight for essential metal ions, human pathogens secrete virulence-associated siderophores and retake the metal-chelated siderophores through a subfamily of adenosine triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) importer, whose molecular mechanisms are completely unknown. We have determined multiple structures of the yersiniabactin importer YbtPQ from uropathogenic (UPEC) at inward-open conformation in both and substrate-bound states by cryo-electron microscopy. YbtPQ does not adopt any known fold of ABC importers but surprisingly adopts the fold of type IV ABC exporters. To our knowledge, it is the first time an exporter fold of ABC importer has been reported. We have also observed two unique features in YbtPQ: unwinding of a transmembrane helix in YbtP upon substrate release and tightly associated nucleotide-binding domains without bound nucleotides. Together, our study suggests that siderophore ABC importers have a distinct transport mechanism and should be classified as a separate subfamily of ABC importers.
リンクSci Adv / PubMed:32076651 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 4.92 Å
構造データ

20262

6p6i

EMDB-20262, PDB-6p6i:
Structure of YbtPQ importer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

EMDB-20263:
Structure of YbtPQ importer in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.92 Å

20264

6p6j

EMDB-20264, PDB-6p6j:
Structure of YbtPQ importer with substrate Ybt-Fe bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-O34:
yersiniabactin / イエルシニアバクチン / エルシニアバクチン

ChemComp-FE:
Unknown entry / 鉄

由来
  • escherichia coli (strain uti89 / upec) (大腸菌)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC importer / Yersiniabactin (エルシニアバクチン)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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