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Structure paper

タイトルStructural basis for transcription activation by Crl through tethering of σ and RNA polymerase.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 116, Issue 38, Page 18923-18927, Year 2019
掲載日2019年9月17日
著者Alexis Jaramillo Cartagena / Amy B Banta / Nikhil Sathyan / Wilma Ross / Richard L Gourse / Elizabeth A Campbell / Seth A Darst /
PubMed 要旨In bacteria, a primary σ-factor associates with the core RNA polymerase (RNAP) to control most transcription initiation, while alternative σ-factors are used to coordinate expression of additional ...In bacteria, a primary σ-factor associates with the core RNA polymerase (RNAP) to control most transcription initiation, while alternative σ-factors are used to coordinate expression of additional regulons in response to environmental conditions. Many alternative σ-factors are negatively regulated by anti-σ-factors. In , , and many other γ-proteobacteria, the transcription factor Crl positively regulates the alternative σ-regulon by promoting the association of σ with RNAP without interacting with promoter DNA. The molecular mechanism for Crl activity is unknown. Here, we determined a single-particle cryo-electron microscopy structure of Crl-σ-RNAP in an open promoter complex with a σ-regulon promoter. In addition to previously predicted interactions between Crl and domain 2 of σ (σ), the structure, along with -benzoylphenylalanine cross-linking, reveals that Crl interacts with a structural element of the RNAP β'-subunit that we call the β'-clamp-toe (β'CT). Deletion of the β'CT decreases activation by Crl without affecting basal transcription, highlighting the functional importance of the Crl-β'CT interaction. We conclude that Crl activates σ-dependent transcription in part through stabilizing σ-RNAP by tethering σ and the β'CT. We propose that Crl, and other transcription activators that may use similar mechanisms, be designated σ-activators.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:31484766 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.26 Å
構造データ

20090

6omf

EMDB-20090, PDB-6omf:
CryoEM structure of SigmaS-transcription initiation complex with activator Crl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
キーワードTRANSCRIPTION / Transferase/DNA / Transcription-activator / DNA/RNA / SigmaS / beta' / Transferase-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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