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Structure paper

タイトルProgramming Conventional Electron Microscopes for Solving Ultrahigh-Resolution Structures of Small and Macro-Molecules.
ジャーナル・号・ページAnal Chem, Vol. 91, Issue 17, Page 10996-11003, Year 2019
掲載日2019年9月3日
著者Heng Zhou / Feng Luo / Zhipu Luo / Dan Li / Cong Liu / Xueming Li /
PubMed 要旨Microcrystal electron diffraction (MicroED) is becoming a powerful tool in determining the crystal structures of biological macromolecules and small organic compounds. However, wide applications of ...Microcrystal electron diffraction (MicroED) is becoming a powerful tool in determining the crystal structures of biological macromolecules and small organic compounds. However, wide applications of this technique are still limited by the special requirement for radiation-tolerated movie-mode camera and the lack of automated data collection methods. Herein, we develop a stage-camera synchronization scheme to minimize the hardware requirements and enable the use of the conventional electron cryo-microscope with a single-frame CCD camera, which ensures not only the acquisition of ultrahigh-resolution diffraction data but also low cost in practice. This method renders the structure determination of both peptide and small organic compounds at ultrahigh resolution up to ∼0.60 Å with unambiguous assignment of nearly all hydrogen atoms. The present work provides a widely applicable solution for routine structure determination of MicroED and demonstrates the capability of the low-end 120 kV microscope with a CCD camera in solving ultrahigh resolution structures of both organic compounds and biological macromolecules.
リンクAnal Chem / PubMed:31334636
手法EM (電子線結晶学)
解像度0.6 - 0.67 Å
構造データ

0696

6kj1

EMDB-0696, PDB-6kj1:
200kV MicroED structure of FUS (37-42) SYSGYS solved from merged datasets at 0.65 A
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 0.65 Å

0697

6kj2

EMDB-0697, PDB-6kj2:
200kV MicroED structure of FUS (37-42) SYSGYS solved from single crystal at 0.67 A
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 0.67 Å

0698

6kj3

EMDB-0698, PDB-6kj3:
120kV MicroED structure of FUS (37-42) SYSGYS solved from merged datasets at 0.60 A
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 0.6 Å

0699

6kj4

EMDB-0699, PDB-6kj4:
120kV MicroED structure of FUS (37-42) SYSGYS solved from single crystal at 0.65 A
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 0.65 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / FUS / MicroED / Ultrahigh resolution

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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