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Structure paper

タイトルRecognition of protein-linked glycans as a determinant of peptidase activity.
ジャーナル・号・ページProc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., Vol. 114, Page E679-E688, Year 2017
掲載日2016年6月7日 (構造データの登録日)
著者Noach, I. / Ficko-Blean, E. / Pluvinage, B. / Stuart, C. / Jenkins, M.L. / Brochu, D. / Buenbrazo, N. / Wakarchuk, W. / Burke, J.E. / Gilbert, M. / Boraston, A.B.
リンクProc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / PubMed:28096352
手法X線回折
解像度1.6 - 2.4 Å
構造データ

PDB-5kd2:
BT_4244 metallopeptidase from Bacteroides thetaiotaomicron
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-5kd5:
BT_4244 metallopeptidase from Bacteroides thetaiotaomicron
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-5kd8:
BT_4244 metallopeptidase in complex with Tn antigen.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-5kdj:
ZmpB metallopeptidase from Clostridium perfringens
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-5kdn:
ZmpB metallopeptidase from Clostridium perfringens
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-5kds:
ZmpB metallopeptidase in complex with an O-glycopeptide (a2,6-sialylated core-3 pentapeptide).
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-5kdu:
ZmpB metallopeptidase in complex with a2,6-Sialyl T-antigen
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-5kdv:
IMPa metallopeptidase from Pseudomonas aeruginosa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.93 Å

PDB-5kdw:
IMPa metallopeptidase from Pseudomonas aeruginosa
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-5kdx:
IMPa metallopeptidase in complex with T-antigen
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION / ニッケル

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-SER:
SERINE / セリン / セリン

ChemComp-A2G:
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / α-GalNAc / N-アセチルガラクトサミン

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-TLA:
L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸 / 酒石酸

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / pH緩衝剤*YM / HEPES

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

由来
  • bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
  • bacteroides thetaiotaomicron (strain atcc 29148 / dsm 2079 / nctc 10582 / e50 / vpi-5482) (バクテリア)
  • clostridium perfringens (strain atcc 13124 / dsm 756 / jcm 1290 / ncimb 6125 / nctc 8237 / type a) (ウェルシュ菌)
  • bos taurus (ウシ)
  • pseudomonas aeruginosa (strain atcc 15692 / pao1 / 1c / prs 101 / lmg 12228) (緑膿菌)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / O-Glycopeptidase / PF13402/M60-like / O-glycan / Hydrolase. (加水分解酵素) / Bovine submaxillary mucin / Glycopeptidase / PF13402 / core-1 O-glycan

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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