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タイトルStructure of a yeast activated spliceosome at 3.5 Å resolution.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 353, Issue 6302, Page 904-911, Year 2016
掲載日2016年8月26日
著者Chuangye Yan / Ruixue Wan / Rui Bai / Gaoxingyu Huang / Yigong Shi /
PubMed 要旨Pre-messenger RNA (pre-mRNA) splicing is carried out by the spliceosome, which undergoes an intricate assembly and activation process. Here, we report an atomic structure of an activated spliceosome ...Pre-messenger RNA (pre-mRNA) splicing is carried out by the spliceosome, which undergoes an intricate assembly and activation process. Here, we report an atomic structure of an activated spliceosome (known as the B(act) complex) from Saccharomyces cerevisiae, determined by cryo-electron microscopy at an average resolution of 3.52 angstroms. The final refined model contains U2 and U5 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs), U6 small nuclear RNA (snRNA), nineteen complex (NTC), NTC-related (NTR) protein, and a 71-nucleotide pre-mRNA molecule, which amount to 13,505 amino acids from 38 proteins and a combined molecular mass of about 1.6 megadaltons. The 5' exon is anchored by loop I of U5 snRNA, whereas the 5' splice site (5'SS) and the branch-point sequence (BPS) of the intron are specifically recognized by U6 and U2 snRNA, respectively. Except for coordination of the catalytic metal ions, the RNA elements at the catalytic cavity of Prp8 are mostly primed for catalysis. The catalytic latency is maintained by the SF3b complex, which encircles the BPS, and the splicing factors Cwc24 and Prp11, which shield the 5' exon-5'SS junction. This structure, together with those determined earlier, outlines a molecular framework for the pre-mRNA splicing reaction.
リンクScience / PubMed:27445306
手法EM (単粒子)
解像度3.5 Å
構造データ

9524

5gm6

EMDB-9524, PDB-5gm6:
Cryo-EM structure of the activated spliceosome (Bact complex) at 3.5 angstrom resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / spliceosome / RNA splicing / Bact / Catalytically activated / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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