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タイトルStructural basis of protein translocation by the Vps4-Vta1 AAA ATPase.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 6, Year 2017
掲載日2017年4月5日
著者Nicole Monroe / Han Han / Peter S Shen / Wesley I Sundquist / Christopher P Hill /
PubMed 要旨Many important cellular membrane fission reactions are driven by ESCRT pathways, which culminate in disassembly of ESCRT-III polymers by the AAA ATPase Vps4. We report a 4.3 Å resolution cryo-EM ...Many important cellular membrane fission reactions are driven by ESCRT pathways, which culminate in disassembly of ESCRT-III polymers by the AAA ATPase Vps4. We report a 4.3 Å resolution cryo-EM structure of the active Vps4 hexamer with its cofactor Vta1, ADP·BeF, and an ESCRT-III substrate peptide. Four Vps4 subunits form a helix whose interfaces are consistent with ATP binding, is stabilized by Vta1, and binds the substrate peptide. The fifth subunit approximately continues this helix but appears to be dissociating. The final Vps4 subunit completes a notched-washer configuration as if transitioning between the ends of the helix. We propose that ATP binding propagates growth at one end of the helix while hydrolysis promotes disassembly at the other end, so that Vps4 'walks' along ESCRT-III until it encounters the ordered N-terminal domain to destabilize the ESCRT-III lattice. This model may be generally applicable to other protein-translocating AAA ATPases.
リンクElife / PubMed:28379137 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.3 - 7.2 Å
構造データ

EMDB-8549, PDB-5uie:
Vps4-Vta1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-8550:
Vps4-Vta1 complex, sharpened map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-8551:
Vps4-HCP hexamer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-8552:
Vps4-Vta1 complex, VSL_A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

EMDB-8553:
Vps4-Vta1 complex, VSL_B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-8554:
Vps4-Vta1 complex, VSL_C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.2 Å

EMDB-8555:
Vps4-Vta1 complex, VSL_D
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-8556:
Vps4-Vta1 complex, VSL_E
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-8557:
Vps4-Vta1 complex, VSL_F
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-8570:
Vps4-Vta1 complex, State 3 of subunitF
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-8571:
Vps4-Vta1 complex, State 2 of subunitF
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.2 Å

EMDB-8572:
Vps4-Vta1 complex, State 1 of subunitF
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Vps4 / ESCRT (ESCRT) / Vta1 / AAA ATPase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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