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タイトルStructural diversity of heat-sensing channel TRPV3 with Olmsted syndrome mutations.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年6月20日
著者Jeffrey Khau / Rutambhara Purohit / Kirill D Nadezhdin / Irina A Talyzina / Alexander I Sobolevsky /
PubMed 要旨Mutations in TRPV3, a temperature-sensitive ion channel critical for skin physiology, cause severe genodermatosis called Olmsted syndrome (OS). Here we integrate single-channel recordings and cryo-EM ...Mutations in TRPV3, a temperature-sensitive ion channel critical for skin physiology, cause severe genodermatosis called Olmsted syndrome (OS). Here we integrate single-channel recordings and cryo-EM to characterize five OS mutants. All exhibit reduced temperature sensitivity in the temperature range relevant to normal skin physiology and disrupt structural elements stabilizing non-conducting states, including vanilloid lipid coordination and S4-S5 linker-TRP helix contacts. Despite shared gain-of-function phenotype, the mutations cause different distributions of the TRPV3 closed, open, and inactivated states. One mutation expands the conformational ensemble with noncanonical two-fold-symmetrical states featuring dramatic domain swapping. Our findings highlight conserved TRP channel gating mechanisms and suggest that OS mutations alter TRPV3 function by triggering the conformational wave that mediates gating in wild-type channels. These insights establish a framework to decode genotype-structure-function relationships in TRP channelopathies and guide future therapeutic strategies.
リンクNat Commun / PubMed:42323291 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.49 - 4.01 Å
構造データ

EMDB-71680, PDB-9pj5:
Closed-state structure of wild-type human TRPV3 purified in GDN detergent
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-71681, PDB-9pj6:
Inactivated-state structure of wild-type human TRPV3 purified in GDN detergent
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

EMDB-77134, PDB-13lj:
Structure of human TRPV3-G568C Olmsted syndrome mutant in the closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

EMDB-77135, PDB-13lk:
Structure of human TRPV3-G568C Olmsted syndrome mutant in the open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

EMDB-77136, PDB-13ll:
Structure of human TRPV3-Q580P Olmsted syndrome mutant in the closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-77137, PDB-13lm:
Structure of human TRPV3-Q580P Olmsted syndrome mutant in the open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

EMDB-77138, PDB-13ln:
Structure of human TRPV3-Q580P Olmsted syndrome mutant in the inactivated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-77139, PDB-13lo:
Structure of human TRPV3-W692G Olmsted syndrome mutant in the open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-77140, PDB-13lp:
Structure of human TRPV3-W692G Olmsted syndrome mutant in the inactivated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-77141, PDB-13lq:
Structure of human TRPV3-G568D Olmsted syndrome mutant in the 4-fold symmetrical open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.01 Å

EMDB-77142, PDB-13lr:
Structure of human TRPV3-G568D Olmsted syndrome mutant in the 4-fold symmetrical inactivated state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

EMDB-77143, PDB-13ls:
Structure of human TRPV3-G568D Olmsted syndrome mutant in the 2-fold symmetrical closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-77144, PDB-13lt:
Structure of human TRPV3-G568D Olmsted syndrome mutant in the 2-fold symmetrical open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

EMDB-77145, PDB-13lu:
Structure of human TRPV3-W521S Olmsted syndrome mutant in the closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.49 Å

化合物

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

ChemComp-NA:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • aequorea victoria (オワンクラゲ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRPV3 / mutant / G568C / Olmsted syndrome / human / closed state / GDN / detergent / mutation / gain-of-function / open state / Q580P / inactivated state / W692G / G568D / C4 symmetry / C2 symmetry / W521S / closed / state / wild type

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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