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Structure paper

タイトルCatalytic activation of human Argonaute 2 requires RNA duplex deformation.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Year 2026
掲載日2026年6月24日
著者Sucharita Sarkar / Luca F R Gebert / Ian J MacRae /
PubMed 要旨Small interfering RNAs (siRNAs) are an expanding class of RNA therapeutics, with seven drugs approved by the US Food and Drug Administration and many more in development. Rational design, however, ...Small interfering RNAs (siRNAs) are an expanding class of RNA therapeutics, with seven drugs approved by the US Food and Drug Administration and many more in development. Rational design, however, has been limited by incomplete understanding of how human Argonaute 2 (hAgo2) catalyzes target cleavage. Here we report high-resolution cryo-electron microscopy structures of hAgo2 bound to a target RNA in catalytic and noncatalytic conformations. The structures reveal that guide-target pairing alone is insufficient for slicing and catalysis requires deformation of the duplex through a coordinated network of RNA-protein interactions. Expansion of the central major groove positions the scissile phosphate, while compression toward the supplementary region docks the duplex into the hAgo2 cleft. A kink after guide nucleotide g6 disrupts seed-only pairing conformation and promotes the extended pairing required for catalysis. This rearrangement enables repositioning of K709 within the active site, while a pyrimidine at target position t10 optimally aligns R710 to accelerate cleavage. These findings provide a structural framework linking siRNA duplex geometry to catalytic efficiency and inform rational design of siRNAs with improved potency and specificity.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:42342972
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.3 Å
構造データ

46888

9dhx

EMDB-46888: human Argonaute-2 R315V/H316A - miR-122 in complex with a fully complementary target
PDB-9dhx: human Argonaute2 R315V/H316A - guide RNA in complex with a fully complementary target
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

75677

11gi

EMDB-75677, PDB-11gi:
Human Argonaute2 WT - guide(3 prime-amino) RNA in complex with a fully complementary target
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

75678

11gj

EMDB-75678, PDB-11gj:
Human Argonaute2 R315V/H316A - guide10U RNA in complex with a complementary target to position 19
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

75679

11gk

EMDB-75679, PDB-11gk:
Human Argonaute2 R315V/H316A - guide RNA in complex with a fully complementary target (conformation 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA binding protein / RNP / RNA / Argonaute2 / Ago2 / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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