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Structure paper

タイトルStructural insights into HSV-1 origin unwinding by the viral proteins UL9 and ICP8.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 54, Issue 11, Year 2026
掲載日2026年6月8日
著者Andrey G Baranovskiy / Lucia M Morstadt / Eduardo E Romero / Nigar D Babayeva / Tahir H Tahirov /
PubMed 要旨Herpes simplex virus type 1 (HSV-1) causes lifelong infections in human cells and is associated with a range of diseases. HSV-1 DNA replication requires seven viral proteins, including the major DNA- ...Herpes simplex virus type 1 (HSV-1) causes lifelong infections in human cells and is associated with a range of diseases. HSV-1 DNA replication requires seven viral proteins, including the major DNA-binding protein ICP8, the origin-binding protein UL9, and proteins that comprise the helicase-primase and DNA polymerase complexes. UL9 functions as a DNA helicase that specifically recognizes and binds to the viral origins of replication, OriS and OriL. Here we report the cryo-EM structure of the UL9/ICP8/DNA/ATPγS complex at an overall resolution of 3.18 Å. This structure revealed that UL9 employs an α-helix to separate the DNA strands and captures the initial step of OriS unwinding, in which the C-terminal domain of UL9 specifically binds to the major groove of a DNA double helix, while the N-terminal helicase domain engages the unwound leading and lagging strands. ICP8 interacts with the extreme C-terminal region of UL9, preventing UL9 dimerization. Simultaneously, it binds and stabilizes the leading-strand DNA adjacent to UL9. Together, these findings provide mechanistic insight into UL9-driven DNA unwinding and the cooperative action of UL9 and ICP8 at HSV-1 replication origins, establishing a structural framework for the rational interpretation of prior biochemical data and for the design of new antiviral drugs.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:42283126 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.2 Å
構造データ

EMDB-74143: The sharpened consensus map for UL9-ICP8-DNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

EMDB-74144: The focused map for ICP8-DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-74145: The focused map for UL9-DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

74190

9zgf

EMDB-74190, PDB-9zgf:
The complex of HSV-1 proteins UL9 and ICP8 with forked DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
キーワードREPLICATION/DNA / DNA replication / protein-DNA complex / REPLICATION-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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