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タイトルThe prokaryotic origins of the COMMD protein family involved in eukaryotic membrane trafficking.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年5月29日
著者Meihan Liu / Edmund R R Moody / Farrah Blades / Caroline Puente-Lelievre / Kai-En Chen / Ella J Stephens / Katharine A Michie / Rosemary J Cater / Tom A Williams / Brett M Collins / Michael D Healy /
PubMed 要旨The ten eukaryotic COMMD proteins are core components of the Commander complex, with central roles in endosomal membrane trafficking and signalling. Each protein has an α-helical N-terminal (HN) ...The ten eukaryotic COMMD proteins are core components of the Commander complex, with central roles in endosomal membrane trafficking and signalling. Each protein has an α-helical N-terminal (HN) domain with a C-terminal copper metabolism gene MURR1 (COMM) domain. These ten family members assemble into a heterodecameric ring composed of five specific heterodimers. In this work we have combined structural homology searches with genome-wide predicted structures to identify ancestral COMMD-like proteins that exist as single genes in Bacteria and Archaea. Although there is limited sequence similarity to the eukaryotic proteins the bacterial and archaeal COMMD-like proteins are predicted to form homomeric ring-shaped assemblies like their eukaryotic counterparts. Our biophysical studies, crystal and cryo-EM structures confirm COMMD-like proteins readily form homooligomeric rings composed of eight or ten subunits assembled from core dimeric building blocks and inter-dimer interactions that are analogous to the heterodecameric core structure of the eukaryotic Commander complex. Phylogenetic analyses using amino acid sequences and FoldSeek structural alphabet (3Di) infer that the closest identified relatives to the eukaryotic COMMD proteins are found in Myxococcota bacteria. These findings indicate that COMMD genes emerged early in eukaryotic evolution through multiple rounds of duplication from a single ancestral gene likely acquired from bacteria.
リンクNat Commun / PubMed:42215467 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.58 - 4.77 Å
構造データ

72266

9q6c

EMDB-72266, PDB-9q6c:
Cryo-EM structure of octameric COMMD-like protein MBK5214510 from Flavobacteriaceae bacterium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.22 Å

72267

9q6d

EMDB-72267, PDB-9q6d:
CryoEM structure of decameric COMMD-like protein MBK5214510 from Flavobacteriaceae bacterium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.77 Å

73963

9za1

EMDB-73963, PDB-9za1:
cryoEM structure of COMMD-like protein S4Y171 octamer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

73964

9za2

EMDB-73964, PDB-9za2:
cryoEM structure of COMMD-like protein S4Y171 octamer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

PDB-9q6a:
Crystal structure of octameric COMMD-like protein MBK5214510 from Flavobacteriaceae bacterium
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.58 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • flavobacteriaceae bacterium (バクテリア)
  • sorangium cellulosum so0157-2 (バクテリア)
キーワードUNKNOWN FUNCTION / COMMD / homooligomer / Commd-like / octamer / bacterial / Commander

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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