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タイトルTemperature and intrinsic Ca reshape TRPM4 pharmacology.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 33, Issue 6, Page 973-984, Year 2026
掲載日2026年6月9日
著者Jinhong Hu / Sofia Ievleva / Sung Jin Park / Junuk Lee / Jie Cheng / Garrett O'Dea / Jiangnan Sheng / Juan Du / Wei Lü /
PubMed 要旨Proteins operate in dynamic environments where ions, lipids and temperature collectively define their properties, yet most studies rely on simplified conditions that overlook these intrinsic ...Proteins operate in dynamic environments where ions, lipids and temperature collectively define their properties, yet most studies rely on simplified conditions that overlook these intrinsic variables. Here we show two such factors-temperature and Ca-remodel the function and pharmacology of TRPM4, an ion channel implicated in cardiac conduction, immune regulation, cancer and intestinal-fluid homeostasis. At physiological temperature and Ca, TPPO-previously considered a selective TRPM5 inhibitor inactive toward TRPM4-potently activates TRPM4, revealing strong synergy among temperature, Ca and ligand binding. By contrast, Necrocide-1, a necroptotic activator targeting the same binding pocket, defies this logic: it opens TRPM4 without Ca but is antagonized by Ca. Meanwhile, the inhibitors NBA and CBA engage a nearby pocket, locking the channel in a non-conductive pre-open state. Our findings highlight that even rigid binding pockets can exhibit temperature-dependent ligand recognition, revealing hidden pharmacology and informing selective, environment-aware therapeutic strategies.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:42265346 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.51 - 3.26 Å
構造データ

EMDB-73754, PDB-9z1w:
Cryo-EM structure of human TRPM4 channel in complex with calcium and TPPO at 37 degrees Celsius (consensus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

EMDB-73755, PDB-9z1x:
Cryo-EM structure of human TRPM4 channel in the warm conformation in complex with calcium and TPPO at 37 degrees Celsius (monomeric TMD-focused map with best-resolved TPPO density)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-73756, PDB-9z1y:
Cryo-EM structure of human TRPM4 channel in the cold conformation in complex with calcium and TPPO at 37 degrees Celsius (monomeric TMD-focused map with best-resolved TPPO density)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

EMDB-73757, PDB-9z1z:
Cryo-EM structure of human TRPM4 channel in complex with calcium and TPPO at 18 degrees Celsius (consensus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

EMDB-73758, PDB-9z20:
Cryo-EM structure of human TRPM4 channel in complex with EGTA and TPPO at 37 degrees Celsius (consensus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.51 Å

EMDB-73759, PDB-9z21:
Cryo-EM structure of human TRPM4 channel in complex with calcium and NC1 at 37 degrees Celsius (consensus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

EMDB-73760, PDB-9z22:
Cryo-EM structure of human TRPM4 channel in complex with EGTA and NC1 at 37 degrees Celsius (consensus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

EMDB-73761, PDB-9z23:
Cryo-EM structure of human TRPM4 channel in complex with calcium and CBA at 37 degrees Celsius (consensus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.59 Å

EMDB-73762, PDB-9z24:
Cryo-EM structure of human TRPM4 channel in complex with calcium and CBA at 37 degrees Celsius (monomeric TMD-focused map with best-resolved CBA density)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-73763, PDB-9z25:
Cryo-EM structure of human TRPM4 channel in complex with calcium and NBA at 37 degrees Celsius (consensus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

EMDB-73764, PDB-9z26:
Cryo-EM structure of human TRPM4 channel in complex with calcium and NBA at 37 degrees Celsius (monomeric TMD-focused map with best-resolved NBA density)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-73765, PDB-9z27:
Cryo-EM structure of human TRPM4 channel in complex with calcium and CBA and DVT at 37 degrees Celsius (consensus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry

PDB-1cg5:
DEOXY FORM HEMOGLOBIN FROM DASYATIS AKAJEI

PDB-1cy8:
COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE AND 3'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE

PDB-1cz0:
INTRON ENCODED HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI/DNA COMPLEX LACKING CATALYTIC METAL ION

PDB-1h0c:
The crystal structure of human alanine:glyoxylate aminotransferase

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / TRP channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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