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タイトルInduction of broadly neutralizing HIV antibodies by a two-step mechanism informs vaccine design.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 392, Issue 6804, Page eaec6396, Year 2026
掲載日2026年5月7日
著者Ashwin N Skelly / Harry B Gristick / Hui Li / Edem Gavor / Andrew J Connell / Edward F Kreider / Lorie Marchitto / Michael P Hogarty / Maddy L Newby / Joel D Allen / Weimin Liu / Anthony P West / Kasirajan Ayyanathan / Mary S Campion / Kaitlyn Winters / Colette G Gordon / Rebecca A Osbaldeston / Macy J Akeley / Emily Lewis / Yingying Li / Ajay Singh / Kendra Cruickshank / Younghoon Park / Chengyan Zhao / Xuduo Li / Khaled Amereh / Elizabeth Van Itallie / John W Carey / Amie Albertus / Andrew T DeLaitsch / Jennifer R Keeffe / Melinda G Lituchy / Agnes A Walsh / Daniel J Morris / Rumi Habib / Frederic Bibollet-Ruche / Nitesh Mishra / Gabriel Avillion / Nicholas S Koranda / Samantha J Plante / Christian L Martella / Jinery Lora / Eric J D Wang / Mark G Lewis / Malcolm A Martin / Michel C Nussenzweig / Michael S Seaman / Darrell J Irvine / Kevin J Wiehe / Barton F Haynes / Kshitij Wagh / Bette Korber / Raiees Andrabi / Max Crispin / Drew Weissman / Pamela J Bjorkman / Beatrice H Hahn / George M Shaw /
PubMed 要旨A major obstacle confronting HIV-1 vaccine and cure research is the lack of an outbred animal model for rapid and consistent induction of broadly neutralizing antibodies (bNAbs). We designed an ...A major obstacle confronting HIV-1 vaccine and cure research is the lack of an outbred animal model for rapid and consistent induction of broadly neutralizing antibodies (bNAbs). We designed an epitope-focused simian-human immunodeficiency virus (SHIV.5MUT) that elicited broad and potent V3-glycan-targeted antibodies within a year of infection in 14 of 22 macaques compared with 0 of 14 control animals. SHIV.5MUT elicited bNAbs by a two-step mechanism, inducing an initial wave of V1-directed antibodies that selected for envelope (Env) glycoprotein variants with shortened, hypoglycosylated V1 loops, which in turn primed V3-glycan bNAb precursors. Rhesus bNAbs were immunogenetically and structurally diverse, closely resembling human V3-glycan bNAbs. Env-bNAb coevolution revealed a diverse repertoire of bNAb precursors and the Env variants that matured them, yielding a molecular blueprint for vaccine design.
リンクScience / PubMed:42096521
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 5.0 Å
構造データ

72969

9yho

EMDB-72969, PDB-9yho:
AJ09-21 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

72970

9yhq

EMDB-72970, PDB-9yhq:
AJ09-83 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

72971

9yhr

EMDB-72971, PDB-9yhr:
AJ09-110 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

72972

9yhs

EMDB-72972, PDB-9yhs:
AM12-340 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

72973

9yht

EMDB-72973, PDB-9yht:
AM12-347 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

72985

9yib

EMDB-72985, PDB-9yib:
AM12-351 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

72986

9yid

EMDB-72986, PDB-9yid:
AM12-352 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

72987

9yie

EMDB-72987, PDB-9yie:
NN39-25 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

72988

9yif

EMDB-72988, PDB-9yif:
NN39-171 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

72989

9yig

EMDB-72989, PDB-9yig:
V634-136 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

72990

9yih

EMDB-72990, PDB-9yih:
V634-136 UCA Fab in complex with HIV-1 Env del4-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

72991

9yii

EMDB-72991, PDB-9yii:
V645-158 Fab in complex with HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

72992

9yij

EMDB-72992, PDB-9yij:
HIV-1 Env 5MUT-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

72993

9yik

EMDB-72993, PDB-9yik:
HIV-1 Env del4-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

72994

9yil

EMDB-72994, PDB-9yil:
HIV-1 Env del8-3fill SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • macaca mulatta (アカゲザル)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / Envelope protein / Vaccine / Immunogen / Antibody / bNAb / Viral Protein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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