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タイトルSerum IgA proteomics reveals clonal composition and neutralization of dimeric and monomeric IgA repertoires against human norovirus.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 123, Issue 34, Page e2603905123, Year 2026
掲載日2026年8月25日
著者Juyeon Park / Gyunghee Jo / Yaoska Reyes / Whitney Pickens / Dae Sung Kim / Alexandra Beaver / Verónica P Costantini / Chang Liu / Daeun Kim / Daechan Park / Victoria Longo / Paul D Brewer-Jensen / Michael L Mallory / Ed Satterwhite / Rocio Zapata-Bustos / Jeffrey Marchioni / Mark R Zweigart / Becca A Flitter / Jan Vinjé / Julianna Han / Ted M Ross / Jiwon Lee / Jason J Lavinder / Sean N Tucker / Zunlong Ke / Andrew B Ward / Lisa C Lindesmith / Ralph S Baric / George Georgiou /
PubMed 要旨Protection against human norovirus correlates with attachment ligand blockade antibody titers, fecal IgA titers, and serum IgA titers. IgA responses in serum comprise approximately 80 to 95% of ...Protection against human norovirus correlates with attachment ligand blockade antibody titers, fecal IgA titers, and serum IgA titers. IgA responses in serum comprise approximately 80 to 95% of monomeric IgA (mIgA) and 5 to 20% of dimeric IgA (dIgA). Using serum LC-MS/MS proteomics, we established clonal relationships between circulating IgG and IgA, as well as between dIgA and mIgA. We observed a modest degree of clonal overlap between circulating IgG and IgA at steady state and found that more than 80% of antigen-specific mIgA was also detectable as dIgA. We biochemically characterized neutralizing epitopes on norovirus GII.4 virus-like particles (VLPs) targeted by serum IgA clonotypes and demonstrated that dIgA markedly enhances neutralization potency relative to mIgA and IgG in an epitope-specific manner. Cryoelectron microscopy and cryoelectron tomography revealed that whether IgA dimerization enhances viral neutralization depends on epitope accessibility on the VLP and antibody binding orientation. Together, these findings provide molecular-level resolution of the serum IgA response and define the structural basis by which dIgA enhances neutralization potency in an epitope-specific manner.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:42607213 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.93 - 7.68 Å
構造データ

71602

9pfj

EMDB-71602, PDB-9pfj:
Cryo-EM structure of VX77 Fab in complex with GII.4 Norovirus P domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

71603

9pfk

EMDB-71603, PDB-9pfk:
Cryo-EM structure of VX93 Fab in complex with GII.4 Norovirus P domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

EMDB-72540: Cryo-EM map of norovirus GII.4 SY 2012 VLP in complex with VX77 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

EMDB-72541: Cryo-EM map of norovirus GII.4 SY 2012 VLP in complex with VX93 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-72542: Cryo-EM map of norovirus GII.4 SY 2012 VLP in complex with VX93 Fab - fivefold axis local map (4 Fabs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.97 Å

EMDB-72543: Cryo-EM map of norovirus GII.4 SY 2012 VLP in complex with VX93 Fab - fivefold axis local map (5 Fabs-1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

EMDB-72544: Cryo-EM map of norovirus GII.4 SY 2012 VLP in complex with VX93 Fab - fivefold axis local map (5 Fabs-2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.53 Å

EMDB-72545: Cryo-EM map of norovirus GII.4 SY 2012 VLP in complex with VX93 Fab - fivefold axis local map (3 Fabs-1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.42 Å

EMDB-72546: Cryo-EM map of norovirus GII.4 SY 2012 VLP in complex with VX93 Fab - fivefold axis local map (3 Fabs-2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.66 Å

EMDB-72547: Cryo-EM map of norovirus GII.4 SY 2012 VLP in complex with VX93 Fab - threefold axis local map (1 Fab)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.68 Å

EMDB-72548: Cryo-EM map of norovirus GII.4 SY 2012 VLP in complex with VX93 Fab - threefold axis local map (2 Fabs-1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.39 Å

EMDB-72549: Cryo-EM map of norovirus GII.4 SY 2012 VLP in complex with VX93 Fab - threefold axis local map (2 Fabs-2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.46 Å

EMDB-72550: Cryo-EM map of norovirus GII.4 SY 2012 VLP in complex with VX93 Fab - threefold axis local map (2 Fabs-3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.59 Å

EMDB-72551: Cryo-EM map of norovirus GII.4 SY 2012 VLP in complex with VX93 Fab - threefold axis local map (3 Fabs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.65 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • norovirus hu/gii.4/sydney/nsw0514/2012/au (ウイルス)
  • Norovirus GII.4 Sydney 2012 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / Norovirus / Antibody complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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