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タイトルTranscription activation mechanism of a noncanonical DNA damage response pathway by the WYL-activator, DriD.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 12, Issue 12, Page eaec6337, Year 2026
掲載日2026年3月20日
著者Rajiv R Singh / Amani Chinni / Emily Cannistraci / Raul Salinas / Sunny Yadav / Kevin Gozzi / Maria A Schumacher /
PubMed 要旨DNA damage repair mechanisms are vital for cell survival. In the bacterium, , DriD is the master regulator of a unique, noncanonical DNA damage pathway. DriD binding to ssDNA, produced upon DNA ...DNA damage repair mechanisms are vital for cell survival. In the bacterium, , DriD is the master regulator of a unique, noncanonical DNA damage pathway. DriD binding to ssDNA, produced upon DNA damage, stimulates its ability to activate transcription from several promoters involved in DNA damage responses. However, the mechanism by which DriD interfaces with the RNAP holoenzyme to activate transcription from its multiple promoters has been unclear. Here, we describe cryo-EM structures of DriD-ssDNA bound to RNAP-holoenzyme and three DriD-regulated promoters. Each subunit of homodimeric DriD contains an DNA binding -terminal winged helix-turn-helix (wHTH) connected to WYL domains by a linker 3-helix bundle (3HB) module. The structures reveal a mechanism of assembly on promoters whereby DriD's 3HBs bind the RNAP α-CTD and β domains, anchoring the RNAP-holoenzyme to regulated promoters. The 3HBs form autoinhibitory contacts with DNABDs in apo DriD and therefore acts as an ssDNA-driven trigger domain, switching between DNABD-bound apo and RNAP-bound forms upon ssDNA-mediated activation. Thus, the structures reveal a unique transcription activation mechanism, likely conserved among the large family of homodimeric WYL activators.
リンクSci Adv / PubMed:41861017 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.54 - 4.24 Å
構造データ

71610

9pfq

EMDB-71610, PDB-9pfq:
The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-bapE promoter transcription activation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.24 Å

71615

9pfv

EMDB-71615, PDB-9pfv:
The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter transcription activation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

71624

9pga

EMDB-71624, PDB-9pga:
The cryo-EM structure of C. crescentus DriD-ssDNA-RNAP-Sigma73-didA promoter transcription activation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.98 Å

71632

9pgh

EMDB-71632, PDB-9pgh:
The cryo-EM structure of C. crescentus RNAP-Sigma73-CCNA_03891/CCNA_01149 promoter complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • caulobacter vibrioides na1000 (バクテリア)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / bapE promoter transcription activation complex / DriD / Caulobacter / TRANSCRIPTION / Non-canonical DNA Repair / TRANSCRIPTION-DNA complex / CCNA_03891-CCNA_01149 promoter Transcription Activation Complex / didA promoter transcription activation complex / CCNA_03891-CCNA_01149 promoter complex / RNA Polymerase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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