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Structure paper

タイトルOrchestrated and dynamic nucleotide addition cycle during respiratory syncytial virus early-stage elongation.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Year 2026
掲載日2026年4月29日
著者Dongdong Cao / Zhenhang Chen / Yunrong Gao / Claire Roesler / Inesh Gooneratne / Cristopher Mera / Lisa Zhuang / Julia Slack / Elijah Nudell-Cook / Jenny Vy / Jasmine Berry / Maurice Royal / Masthan Shaik / Ryan Youngs / Bo Liang /
PubMed 要旨The respiratory syncytial virus (RSV) polymerase (L:P complex) is responsible for viral RNA transcription and replication, where nucleotide addition cycles (NACs) are executed repeatedly during ...The respiratory syncytial virus (RSV) polymerase (L:P complex) is responsible for viral RNA transcription and replication, where nucleotide addition cycles (NACs) are executed repeatedly during elongation in both processes. Using cryo-EM, we capture snapshots of RSV polymerase in action during early-stage elongation and in four distinct NAC states: NTP-bound, pre-reaction, pre-translocation, and post-translocation. Strikingly, we observe all five domains of RSV L in NTP-bound and post-translocation states. In contrast, only two domains are visible in pre-reaction and pre-translocation states, similar to previously reported apo or promoter-bound structures. Importantly, these snapshots reveal the synergistic and dynamic interaction networks among key residues and motifs of RSV polymerase, RNA template, product, incoming nucleotide, and metal ions across NAC states. Our findings provide the first comprehensive insights into orchestrated macro-domain rearrangements and micro-motif changes of RSV polymerase during NAC catalysis, facilitating antiviral therapeutics targeting RSV and related nonsegmented negative-sense RNA viruses, including rabies, Nipah, and Ebola.
リンクNat Commun / PubMed:42049741
手法EM (単粒子)
解像度2.75 - 3.54 Å
構造データ

71611

9pfr

EMDB-71611, PDB-9pfr:
Cryo-EM structure of the respiratory syncytial virus polymerase (L:P) in NTP-bound elongation state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

71612

9pfs

EMDB-71612, PDB-9pfs:
Cryo-EM structure of the respiratory syncytial virus polymerase (L:P) in pre-reaction elongation state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

71613

9pft

EMDB-71613, PDB-9pft:
Cryo-EM structure of the respiratory syncytial virus polymerase (L:P) in pre-translocation elongation state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

71614

9pfu

EMDB-71614, PDB-9pfu:
Cryo-EM structure of the respiratory syncytial virus polymerase (L:P) in post-translocation elongation state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-ZAN:
5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine

由来
  • respiratory syncytial virus a2 (ウイルス)
  • respiratory syncytial virus (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / TRANSFERASE/RNA / Respiratory syncytial virus / RNA-dependent RNA polymerase / nucleotide addition cycle / VIRAL PROTEIN-RNA complex / TRANSFERASE-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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